قال إميل نخلة الموظف السابق في وكالة المخابرات المركزية الأمريكية، إن عزل القوات المسلحة للرئيس محمد مرسي وجماعة الإخوان المسلمين من السلطة، عرقل برنامج المشاركة السياسية للجماعة الممتد لعشرين عام، مشيرا إلى أنه إذا كان هدف النظام الجديد تحقيق مصالحة حقيقية وتوافق سياسي فينبغي إدراج الجماعة ومؤيديها في إعادة هيكلة السياسة المصرية. وأوضح "نخلة" في مقال له نشرتها وكالة أنباء "انتر برس سيرفس" أن القوات المسلحة المصرية ربما نجحت في تهميش الإخوان ولكنها لن تنجح في هزيمتها وإسكاتها، معترفًا أن مرسي كان عاجزًا عن المضي قدمًا بالبلاد اقتصاديًا وسياسيًا واجتماعيًا ولكن تآمر النظام القديم لإفشال مرسي، ومع ذلك فإنه من المرجح أن يستمر الانقسام السياسي في ظل النظام الجديد. ويؤمن "نخلة" أن التحالف العسكري الليبرالي الذي يقوده كارهو الإخوان مقدر له أن يكون قصير الأجل، فخلال العام المقبل من المتوقع ألا يتحسن الاقتصاد ولن تنخفض أسعار المواد الغذائية والطاقة بشكل ملحوظ وستظل السياحة راكدة، وسيبقى مئات الآلاف من الشباب بلا عمل. وأضاف إميل أن الشعب المصري المستاء سوف يخرج إلى الشوارع مطالبين بالتغير، فهل سيجد الفريق أول عبد الفتاح السيسي وقتها أهمية الدفع مجددًا بالحكم العسكري؟؟، مشددا على أن الديكتاتورية العسكرية معادية للديمقراطية. وقال نخلة أنه من السذاجة أن يؤمن الليبراليون والعلمانيون في مصر أن القوات المسلحة بإمكانها القضاء على الأيديولوجية الإسلامية من المجتمع المصري، مشيرًا إلى أن استبعاد جماعة الإخوان من السياسة سوف يغضب المؤيدين الشباب فيها، ومع زيادة إحباطهم وخيبة أملهم في سياسة الديمقراطية فسوف يتحول بعضهم إلى العنف والتطرف والإرهاب. وينوه إميل أن مجلس الوزراء الجديد لن يكون قادرا على كسب ثقة الشعب إذا لم تكن الأحزاب الإسلامية في المزيج السياسي، موضحًا أن عزل مرسي لا يعكس فشل الإسلام السياسي أو زوال الجماعة أو نهاية الربيع العربي. وأكد نخلة على أن "سلطة الشعب" التي أطاحت بالرئيس الأسبق حسني مبارك ولعبت دورًا في عزل مرسي هي الحقيقة الجديدة في مصر اليوم، ونجحت القوات المسلحة في ركوب الموجة الشعبية في حالة مرسي ولكن ينبغي ألا تعتمد على الناتج ذاته في صراعات السلطة المستقبلية. وأشار إميل إلى أن هناك جذور للإسلام في مصر الذي عزز السياسة المحلية والوطنية منذ عقود وقرون ولا يمكن القضاء عليه بسهولة من قبل نوع جديد من العلمانية العسكرية الليبرالية، ولا يمكن إسكات الميول الإسلامية بواسطة مليارات الدولارات التي وعدت بها الدول الخليجية التي عززت لسنوات من الإسلاموية ضد القومية العربية والأيديولوجيات العلمانية الأخرى التي تقودها مصر. وأوضح "نخلة" أن التاريخ الحديث للنشاط الإسلامي يؤكد أن إدراج الأحزاب الإسلامية في السياسة القومية يولد البراغماتية والتسوية السياسية، وعندما يتم إجبارهم للعمل في الخفاء يصبحون أكثر راديكالية ليصبحوا عناصر هامشية للتحول إلى العنف والإرهاب.