بعد مشهد احتراقه على يد مجموعة بلطجية في نهاية 2011، استعاد المجمع العلمي المصري العريق رونقه وتم تجديده بالكامل بتكلفة 6 ملايين تحملتهم القوات المسلحة المصرية، حيث أنه مبنى تراثي عريق منذ الحملة الفرنسية على مصر، وتضم مكتبته نحو ألفي وثيقة، تم انتشال جزء منها لإنقاذها من الحريق وإيداعها لدى دار الكتب القومية لترميمها باعتبارها ذاكرة مصر. وقد افتتح المجمع د. محمد صابر عرب وزير الثقافة ، د ابراهيم بدران رئيس المجمع العلمي ، اللواء أركان حرب محمود حجازي نائبا عن وزير الدفاع، د . اسماعيل سراج الدين نائب رئيس المجمع العلمي ورئيس مكتبة الاسكندرية ، د . محمد عبد الرحمن الشرنوبي الأمين العام للمجمع العلمي المصري . وقام بأعمال الترميم الهيئة الهندسية للقوات المسلحة بالتعاون مع شركة المقاولون العرب علي نفقة القوات المسلحة ، بحضور د . عصام شرف رئيس مجلس الوزراء السابق ، د . علي عبد الرحمن محافظ الجيزة ، وسفير جمهورية سنغافورة ، وأعضاء المجمع العلمي المصري ، عبد اللطيف غبارة نائبا عن شركة المقاولين العرب وعدد من قيادات وضباط القوات المسلحة وأكد د .محمد صابر عرب وزير الثقافة علي أن المجمع العلمى المصري جزء مضئ فى تاريخ مصر وسيظل هكذا ، وأن مشهد حرقه العبثي أقدم عليه مصريون اسما فقط وليس حقيقة، وقد اتحدت عزيمة القوات المسلحة وقادة السياسة لإعادة المبنى لسابق عهده . واستطرد قائلا : لا يوجد دولة فى العالم انهزمت هزيمة بحجم 1967 وفى أقل من 6 سنوات تستعيد خبراتها وتنمية امكاناتها البسيطة المتواضعة لكى تخوض حرب ضد عدو يملك امكانات مادية وعسكرية أقوى بكثير جدا وعلى الرغم من ذلك تجاوزت مصر كل هذه الفروق الذاتية وتنتصر . من جهته أشار د ابراهيم بدران رئيس المجمع العلمي المنتخب ووزير الصحة الأسبق ، لتاريخ العلماء الفرنسيين ودورهم في هذا المجمع منذ الحملة الفرنسية والدور الكبير الذي قام به في رصد كل نواحي الحياة والعادات والتقاليد والظروف المناخية والتضاريسية .
وظل هؤلاء العلماء في مصر رغم رحيل الحملة وفاء لجهود العلم والعلماء الذين استكملوا مسيرتهم وظل المجمع بعد ذلك تحت رعاية الخديوي ثم السلطان ثم الملك رعاية ملكية حتي جاءت الثورة فانشغلت بأحداث مصر المعاصره والحروب الخمسة التي خاضتها مصر التي ظلت لثلاثين عاما ، وطالب بدران بأن يجد المجمع الرعاية المناسبة أسوة بالمجمع العلمي الفرنسي في باريس الذي ترعاه حكومة فرنسا فيما أشار اسماعيل سراج الدين ناب رئيس المجمع الي أن حريق المجمع العلمي المصري كان صدمة ليس لعلماء مصر بل لعلماء العالم أجمع لمن يقدرون العلم ، وقد قام بتوجيه الشكر للقوات المسلحة و د . صابر عرب وزير الثقافة ومن خلاله الي كل العاملين بالوزارة ودار الكتب الذين استضافوا هذه الكتب ومنهم د . عبد الناصر حسن رئيس دار الكتب ، عبد الواحد النبوي رئيس الإدارة المركزية لدار الوثائق، مني محمد عبده ومجموعة الشباب الذين تطوعوا لانقاذ الكتب مع شباب السيدة زينب وألقوا بأجسادهم في النار لينقذوا المجمع ، ود . عماد أبو غازي وزير الثقافة الأسبق وكذلك د . محمد الشرنوبي لمتابعته للعمل الذي أدي بنا الي ما نحن فيه وكذلك الجمعية الجغرافية وبيت السناري وكذلك للشيخ سلطان القاسمي حاكم الشارقة ، والمعهد الفرنسي ، والمفكر السوري هيثم الخياط ، الذي قام باهداء المجمع مكتبته الخاصة والتي يصل عدد الكتب فيها لأكثر من 5000 كتاب ، ومكتبة المرحوم د . محمود حافظ الرئيس السابق للمجمع الذي قامت أسرته باهداء مكتبته للمجمع وكذلك اهداء بعض اساتذة الجامعات مجموعات من الكتب .. وغير ذلك وأشار عبد الرحمن الشرنوبي الي أن القوات المسلحة قامت بترميم هذا الصرح ، فيما تحدث عبد اللطيف غبارة نائبا عن شركة المقاولون العرب عن الدعم الكبير الذي حظيا به لتأهيل وتطوير هذا المبني الذي استغرق العمل به حوالي ثلاثة شهور طبقا للمواصفات . جدير بالذكر أن المجمع العلمي يتكون من طابقين وحديقة تتوسطها نافورة ، ويحتوي الطابق الأول علي صاله للمطالعة مزودة بالحواسب الآلية وشبكة معلومات متصلة بالمكتبات الكبري في مصر والخارج ، والثاني يحتوي علي قاعة للمحاضرات والندوات تتسع لنحو 200 فرد ومزودة بكاميرات للحماية والمتابعة والمراقبة علي امتداد 24 ساعة ، بالاضافة لقاعة اجتماعات وصالون لكبار الزوار وقاعة للدوريات وصالة كبري مزودة بأرفف خشبية ترتفع الي ستة امتار