صرح الدكتور محمد مرسي المرشح لرئاسة الجمهورية أنة لم يكن في ذهنه الترشح، وان الموضوع برمته كان خارج الحسبان، ولكن بعد دراستهم لكثير من الأمور رأوا أنه من الواجب عليهم كحزب وجماعة أن يكون هناك بديلا للمرشح خيرت الشاطر تحسبا لوقوع أي أمر يمنع ترشح الشاطر وهو ما حدث بالفعل، مؤكداً أنه لم يسع لأي منصب تنفيذي ولا لأن يكون رئيسا للجمهورية وإنما يسعي للخدمة العامة بشكل عام. وقال أنه اتفق مع المهندس خيرت الشاطر على تولى احدهما مسئولية إدارة حملة الآخر حال ترشح أي منهما مشيرا للعلاقة القوية التي تربطهما سويا، لافتاً إلي أنه حال فوزه بالرئاسة فلا يمانع أن يكون نائبة امرأة أو مسيحي لأنه يرتكن في اختياره إلي الكفاءة وليس لشيء آخر، مضيفا أن الدستور يكفل لنائب الرئيس أن يحدد الرئيس مهام واضحة له.
وأكد مرسي أنه لم ينزعج من الحملات المضادة له بحجة أنة البديل أو الاستبن و قال مازحاً "رأيت فردة الكاوتش"، وأضاف أن مثل هذا الكلام لن يضر أو يؤثر في الرأي العام المصري.
وأعرب مرسي عن الفهم الخاطئ لدى الكثيرين لمفهوم الدولة الدينية التي يسعي إليها، مؤكدا أن مفهوم الدولة الدينية الذي يقصده هي دولة وطنية قانونية دستورية حديثة شاملة، مضيفا أنه لا يمانع من إنشاء حزب ذو مرجعية قبطية في حال سمح القانون بذلك.
واستنكر التهميش الذي نال "الأزهر" وهو ما نال المجتمع بأكمله خلال فترة الحكم السابق، مؤكدا أنه قد آن الأوان لأن يضطلع الأزهر بدورة الحقيقي كجهة استشارية دينية لأنة الأقدر على مساعدة الدولة، فيما قام مرسي بتقديم العزاء لأهل الطفل الذي صدمته إحدى سيارات حملة الدعاية الخاصة به بمدينة كفر صقر بالشرقية وأدت إلي وفاته.
وأشار أنه يجب الاستفادة من تجارب الآخرين للانتقال من حالة لا يرضى عنها شعب إلي حال يرضي الجميع ضاربا المثل بكوريا وماليزيا وتركيا و الهند وجنوب إفريقيا مؤكدا على ضرورة المحافظة على علاقة مصر بجميع الدول، وأنه لا خوف من العلاقات مع إيران رغم اختلاف المذاهب.
كما أكد أنه لم يسمع بفتوى الشيخ المحلاوي بأن التصويت له واجب شرعي وشدد علي أن التصويت لا علاقة له بالحلال و الحرام، و نفي ما يتردد عن كون حركة حماس الفلسطينية فرع من فروع الإخوان ولكنها تنظيم مقاوم و مدني يؤمن فقط بفكر الإخوان المسلمين.