نفى الدكتور سيد القمني أن يكون قد اعتنق الديانة المسيحية، كما أكد مخاوفه من مرحلة مختلفة عما سبقها يمر بها المصريون، وقال إن الشيعة يبلغ عددهم قرابة 200 ألف مواطن مصري وإن الإسلام السني الذي يرفعه الإخوان المسلمون يشكل تهديداً للشيعة والمسيحيين. وفي حواره مع تركي الدخيل ضمن برنامج "إضاءات" الذي يبث اليوم الخميس على قناة "العربية" في تمام الساعة الثانية ظهراً بتوقيت مكةالمكرمة، انتقد القمني النائب السلفي عبد المنعم الشحات واتهمه بأنه "المتاجر بالدين" متعجباً من قصة "رفع الأذان بالبرلمان". واعتبر القمني أن الخلاف بين الحركات الإسلامية ليس خلافاً نوعياً، مستغرباً تحريم بعض الإسلاميين للديمقراطية ودخولهم العمل السياسي. وقال القمني إنه لازال يتلقى التهديد بالقتل، مشيراً إلى أن تنظيم قاعدة وأنصار الرافدين بالعراق وجماعة الجهاد المصري قد وجها له رسالة واضحة بأنه مستهدف، وأرجع التهديدات إلى أفكاره التي يطرحها بكتبه، والتي تأتي خارج الدوائر التي اعتادت عليها التنظيمات الإسلامية. وأشار إلى أن الأمن أحاطه بحراسة خاصة بعد اكتشاف رسوم تشير إلى موقع سكنه عند تلك التنظيمات، لكن القمني استبعد إمكانية استهدافه في المرحلة الحالية، مرجعاً ذلك إلى كون حركة الإخوان لا تريد تسويد صورتها أمام العالم بعد وصولها إلى سدة الحكم. كما حذر من تهديدات الإخوان وغيرهم ممن يرفضون تغيير المادة الثانية من الدستور والتي تنص على أن الإسلام دين الدولة، وأنه المصدر الرئيس من مصادر التشريع، قائلاً: "يهددون بأن تسيل الدماء في شوارع مصر، لكنني أطالب بإلغاء هذه المادة لأنها تسبغ رعوية الدولة على فئة من المواطنين دون بقية المجتمع من مسيحيين أو بهائيين"، واعتبر هذه المادة "ضد الحريات" لأنها ضد المسيحيين ، حسب قوله. وحول الخلاف بين الصحابة قال إنه كان على الدنيا لا على الدين، منذ الخلاف في عهد عثمان بن عفان، مستغرباً أن يكون الخلاف دينياً ثم تضرب الكعبة بالمنجنيق في حصار الحجاج لابن الزبير.