أثار البابا شنودة الثالث خلال فترة الاربعين عاما التي اعتلى فيها كرسي الباباوية الكثير من الجدل والانتقادات والتساؤلات فقد شهدت فترته الكثير من الإنجازات حيث غزت الكنيسة القبطية العالم كله بفضل مجهوداته، حسب قول البعض. بينما رأى آخرون أنه تحول من معارض شديد للنظام الحاكم في عصر الرئيس الراحل محمد أنور السادات لدرجة اعتقاله إلى مهادن لأقصى درجة خلال فترة حكم الرئيس السابق حسني مبارك، ولم يصدر لفظا أو انتقادا واحد للنظام الذي كان يسعى لتوريث الحكم. ويحتفل اليوم الاثنين الأقباط في مصر بجلوس البابا شنودة الثالث بابا الإسكندرية وبطريرك الكرازة المرقصية على كرسي الباباوية للمرة الأربعين ،وهي أطول فترة تولى فيها أسقف أو مطران هذا المنصب. وقامت شبكة الإعلام العربية محيط بتقييم مسيرة البابا شنودة خلال أربعين عاما ،التزم في آخر عشر سنوات منها الصمت والسكوت حيال الكثير من الأزمات والحوادث التي تعرض لها الأقباط. الكنيسة تغزو العالم قال القمص صليب متى ساويرس عضو المجلس الملي ل"محيط" أن الكنيسة المصرية غزت العالم كله في عهد البابا شنودة وأصبح لها فروع في كل قارات العالم لأول مرة ،مما أدى إلى ارتفاع اسم مصر في الخارج. ويرى أن هذه الكنائس تعتبر سفارات لمصر في الخارج حيث أنها تعمل على دعم الترابط بين المصريين بالخارج وربطهم بوطنهم الأم مصر أيضا. وأضاف "البابا أمر بإنشاء الكثير من المدارس في الخارج لتعليم اللغة العربية حيث أن الكثير من الأجيال المصرية في الخارج يجب أن يتم تعليمها لغة وطنهم الأم".
وفيما يخص مواقف البابا على الصعيد العربي،أكد أن البابا من هاجم الاحتلال الإسرائيلي كثيرا ودعم القضية الفلسطينية ،كما رفض دخول القدس إلا مع إخوانه المسلمين، كما فند الادعاءات الإسرائيلية حول أن اليهود شعب الله المختار". وأكد أن البابا يحض كل المسيحيين على المشاركة في الحياة السياسية ،مدللا على ذلك بمشاركته في الانتخابات والاستفتاءات التي تم إجراؤها في الأعوام السابقة. علاقة شنودة بمبارك ومن جهته يرى المفكر القبطي جمال أسعد أن البابا ذو كاريزما عالية ولديه القدرة على التأثير في الآخرين . وأوضح أن البابا شنودة هو أول رجل دين مسيحي يخلط الدين بالسياسة ،حيث أراد أن يكون زعيما للمسيحيين في عصر السادات مما أدى إلى وقوع صدام بينه وبين النظام الحاكم وقتها وانتهى الأمر باعتقاله. وأضاف "نشأت علاقة تبادل منفعة بين البابا وبين نظام مبارك حيث أن الدولة أعطته صلاحيات لكي يكون المتحدث الرسمي والوحيد باسم أقباط مصر ،موضحا "وهو ما أهدر حقوق الأقباط حيث أن نظام مبارك أعطى للبابا حق الولاية على الأقباط بدلا من الدولة"، مؤكدا أن مواقف البابا أدت إلى تعرض المسيحيين للكثير من المشاكل لمهادنته للنظام . وفيما يخص مواقفه من الثورة، علق المفكر القبطي "كان البابا والأزهر سلبي جدا من الثورة ويعود هذا الأمر بسبب سيطرة النظام الحاكم وقتها على المؤسسات الدينية أيضا". وأكد أن "البابا كان يدعو لانتخاب الحزب الوطني وحسني مبارك وكان مؤيد للتوريث، مقابل أن يصبح البابا المتحدث الوحيد باسم الأقباط". تهديدات النظام للكنيسة
بينما يرى المفكر القبطي كمال غبريال أن الكنيسة مثلها مثل أي مؤسسة مارس النظام الحاكم عليها الكثير من الضغوط حتى تقبل الكنيسة بالأحكام العرفية وقت حدوث أي جريمة في حق الأقباط. وذكر غبريال أن النظام الحاكم أجبر البابا والكنيسة على القبول بالأحكام العرفية مما أضاع حقوق الأقباط وأهدر القانون . وقال " الكنيسة كانت مضطرة للقبول بما كان يطرحه نظام مبارك من حلول لمشاكل الأقباط، حيث كان يتم تهديد البابا والكنيسة بوقف إنشاء الكنائس". وأضاف "أتمنى أن يزول النظام الديكتاتوري وأن يصبح يكون النظام القادم أكثر ديمقراطية لأنه سينعكس بشكل إيجابي على أداء الكنيسة