قال الدكتور محمد الشحات الجندي عضو المجلس الأعلى للشئون الإسلامية وأستاذ الشريعة بجامعة الأزهر، إن الإعلامي إبراهيم عيسى دأب الخروج على الأزهر بأحاديث ليست من اختصاصه. وأضاف الجندي في تصريحات خاصة لشبكة الإعلام العربية "محيط"، أن إبراهيم عيسى أنكر عذاب القبر وهاجم الدين والآن يتجاوز ذلك ليضرب في قيادات الأزهر، متسائلا: إذا كان هناك بعض الإخوان في الأزهر كما ذكر عيسى، فهل يعني هذا اتهام المؤسسة وشيخها وإنكار دورها والتقليل منها؟. وقال، "إذا كان هناك من يتعاطف مع الإخوان، فأنا مع نقدهم النقد البناء، وإذا كان لدى عيسى أسماء معينة تورطت في أعمال عنف في جامعة الأزهر فليقدمها للتحقيق حفاظاً على الوطن بدلاً من البلبلة في وسائل الإعلام". وعن اتهامه لوكيل الأزهر بدفاعه عن مرسي وأخونته قال، "من المستحيل أن نصدق أن وكيل الأزهر إخوان، أما الدكتور حسن الشافعي لو كان هناك تعاطفاً معه فهو ليس إخواناً موضحاً أن الشافعي قد خرج بالفعل بتصريح بعد ثورة 30 يونيو يرفض فيه ما حدث في رابعة لكن لم يَثبت أنه ذهب لميدان رابعة أو قام بأعمال تخريبية وإرهابية ثم إنه تراجع عن بعض تصريحاته فيما بعد". وتابع الجندي أن الإخوان وصلوا للسلطة عبر انتخابات لكنهم لم يصلحوا، مشيراً إلى أن الدكتور محمد عمارة قد يكون متعاطفاً مع الإخوان. وأوضح أن المتهمون وأصحاب التحريض على العنف أمثال القرضاوي مطلوبون من الانتربول الدولي، ومن يثبت اتهامه من جامعة الأزهر في أعمال تخريبية أو التحريض على العنف يقدم للتحقيق، مشيراً إلى أن هناك تعاطفا مع السلفيين أو مع الإخوان في جامعة الأزهر وهذا شيء قد يكون طبيعي. ولفت أن هجوم إبراهيم عيسى على الأزهر لعمل البلبلة ورفع نسبة المشاهدة لبرنامجه لأن حيلته في ذلك فقط هي الأزهر، لإثارة الرأي العام مطالباً بالحفاظ على الوطن ووحدته واستقراره. وكان الإعلامي إبراهيم عيسى قد اتهم في برنامجه على إحدى الفضائيات المعروفة الدكتور أحمد الطيب شيخ الأزهر بالتستر على قيادات إخوانية وطابور خامس وأساتذة بمشيخة الأزهر. وأضاف ابراهيم عيسى في برنامجه أن الأزهر يمثل نموذجا فاضحا وفادحا للاختراق الإخوانى البشع، ولم يكتف بذلك بل أشار إلى أن الدكتور حسن الشافعى، عضو هيئة كبار العلماء، ورئيس مجمع اللغة العربية، ومدير المكتب الفني لشيخ الأزهر أعضاء إخوان، قائلاً: "إن الشافعي إخواني الفكر والعقل والوجدان وسجن في قضية اتهام الإخوان المسلمين باغتيال جمال عبد الناصر، وأعلن عن إخوانيته بعد ثورة 30 يونيو التي هاجمها، وعرض إبراهيم عيسى فيديو للشيخ حسن الشافعي يهاجم فيه إغلاق القنوات الدينية وثورة 30 يونيو، ويدافع عن الرئيس المعزول محمد مرسى. وقال "عيسى" إن وكيل الأزهر الحالي الدكتور عباس شومان، قد أفتى ل "مرسي" بعزل خصومه إن خرجوا عن شرع الله، وأيده في إصدار الإعلان الدستوري.