أكد بابا الإسكندرية وبطريرك الكرازة المرقسية البابا تواضروس الثاني، أن البابا شنودة الثالث علامة واضحة في تاريخ الكنيسة القبطية وفي تاريخ مصر، مشيرا إلى أن اسمه محفور في سجل الزمن والتاريخ نظرا لحياته الطويلة وأعماله الكثيرة التي صنعها وخدم بها السيد المسيح عبر جهاد طويل. وأشار تواضروس الثاني، في كلمة له بدير "الأنبا بشوي" بمناسبة "قداس الذكرى الثانية لنياحة البابا شنودة"، إلى أن البابا شنودة ترك سيرة عطرة في حياته الطويلة منذ طفولته وحتى التحاقه بجامعة القاهرة والتحاقه أيضا بالكلية الإكليريكية التي صار فيها معلما، ووصولا إلى صورته المشرقة التي تمثل تراثا ثمينا في المعرفة المسيحية الواسعة من كتب وترجمات ومحاضرات ألقاها في شتى نواحي المعرفة. كما نوه إلى مدى التأثير الكبير للبابا شنودة في الناحية العلمية من خلال حديثه عن قضية الاستنساخ وخطيئة الشذوذ الجنسي، مؤكدا أنه ترك تراثا لا يزال ينتفع به المسيحيين حتى اليوم. وأضاف تواضروس الثاني، أن الكنيسة لا تقيم حزناً على فقدان البابا شنودة ولكنها تقيم فرحاً، داعيا كل المسيحيين لرفع قلوبهم إلى السماء ليشكروا الله على إعطائه البابا شنودة لهم والذي وصفه بأنه حفظ الكنيسة قوية محبة للوطن وللجميع. كما أوضح تواضروس أن المسيحيين يتذكرون البابا شنودة دائماً في صلواتهم آملا أن يتشفع لهم عند الله، قائلا "إن البابا شنودة أثر بشكل قوي في حياة كل شخص، فهو فارقنا بالجسد فقط وبقيت ذكراه معنا إلى الأبد".