استنكرت مراكز حقوقية مصرية الاستفتاء الشعبي بسويسرا والذي أفضى إلي حظر بناء المآذن مؤكدين أنه منافٍ لحرية الرأي والتعبير وحرية الاعتقاد المنصوص عليها في المواثيق الدولية. وأكد المركز المصرى للحقوق الاقتصادية والاجتماعية أن نتائج الاستفتاء على حظر بناء المآذن الجديدة بسويسرا- بعد أن وافق 57 % من السوسريين ممن أدلوا بأصواتهم- تمثل تشويها لصورة الأديان وتشويها لصورة الدين الإسلامى خاصة، وتجسد تعصبًا غير مبرر ضد دور العبادة الإسلامية وهو ما يناهض قرار لجنة حقوق الإنسان بالأممالمتحدة رقم 82 لسنة 2000. وأشارت لجنة حقوق الإنسان بالمركز إلى أن جميع الدول قد قطعت على نفسها، بموجب ميثاق الأممالمتحدة، عهداً بتعزيز وتشجيع احترام حقوق الإنسان والحريات الأساسية للجميع ومراعاتها على النطاق العالمي دون أي تمييز بسبب العرق أو الجنس أو اللغة أو الدين. وأضاف: أن قرارها 1999/82 في أبريل 1999 يؤكد من جديد أن التمييز ضد بني البشر على أساس الدين أو المعتقد يشكل إهانة لكرامة الإنسان وتنكراً لمبادئ ميثاق الأممالمتحدة. وشدد المركز على أن هذا القرار ينتهك إعلان القضاء على جميع أشكال التعصب والتمييز القائمين على أساس الدين أو المعتقد فقد ذهبت المادة الأولى إلى أن: لكل إنسان الحق في حرية التفكير والوجدان والدين. ويشمل هذا الحق حرية الإيمان بدين أو بأي معتقد يختاره، وحرية إظهار دينه أو معتقده عن طريق العبادة وإقامة الشعائر والممارسة والتعليم، سواء بمفرده أو مع جماعة، جهرًا أو سرًّا، وأنه لا يحوز تعريض أحد لقسر يحد من حريته في أن يكون له دين أو معتقد من اختياره، وكذلك لا يجوز إخضاع حرية المرء في إظهار دينه أو معتقداته إلا لما قد يفرضه القانون من حدود تكون ضرورية لحماية الأمن العام أو النظام العام أو الصحة العامة أو الأخلاق العامة أو حقوق الآخرين وحرياتهم الأساسية". فى حين أوضحت المادة الثانية أنه: "لا يجوز تعريض أحد للتمييز من قبل أية دولة أو مؤسسة أو مجموعة أشخاص أو شخص على أساس الدين أو غيره من المعتقدات. وأوضح المركز الحقوقي أن الدولة السويسرية بإنفاذها نتائج هذا الاستفتاء إنما تناهض أيضًا إعلان مبادئ التسامح التي يجب أن تكون بين أفراد الشعب الواحد والدولة الواحدة، وأيضًا بين الدول والشعوب المختلفة. وعلى الدولة واجب ضمان العدل وعدم التحيز في التشريعات وفي إنفاذ القوانين والإجراءات القضائية والإدارية. وهو ما يقتضي إتاحة الفرص الاقتصادية والاجتماعية لكل شخص دون أي تمييز، فكل استبعاد أو تهميش إنما يؤدي إلي الإحباط والعدوانية والتعصب. علي صعيد ذي صلة وصفت الجمعية المصرية لدعم التطور الديمقراطي والمركز المصري للتنمية والدراسات الديمقراطية نتيجة الاستفتاء بأنها "مؤامرة وانتكاسة وعنصرية وتمييز ضد المسلمين لتشويه صورة الدين الإسلامي، بعد الأحداث الأخيرة في الدانمارك وغيرها من إساءة إلى أحد أهم الرموز الدينية وهو النبي محمد صلى الله عليه و سلم، وهو ما يمثل تعديا على حقوق الآخرين ومحاولة للنيل من فكر وشريعة انتمى إليها أكثر من ثلث سكان العالم، علاوة على كونها تعطيلا لحرية العقيدة والإنماء الديني.