طلبت النيابة العامة من قطاع الآثار الإسلامية بوزارة الآثار ما لديه من مستندات عن المقتنيات الأثرية التى كانت موجودة فى القصور الرئاسية قبل نهبها، أثناء حالة الانفلات الأمنى أثناء ثورة 25 يناير، لمطابقتها بالمستندات التى تمكنت لجنة الجرد القضائية المشكلة بقرار من المجلس العسكرى ويرأسها المستشار أحمد إدريس، من التحفظ عليها. وكشف مصدر قضائى أن لجنة الجرد اكتشفت أثناء تحقيقها فى اختفاء وسرقة المقتنيات الأثرية من القصور الرئاسية، سرقة 4200 قطعة أثرية من المتحف الإسلامى، إذ تبين للجنة بالصدفة أن زكريا عزمى استخدم قصر عابدين كمخزن مؤقت للقطع الأثرية التى حصل عليها من المتحف الإسلامى ب«الأمر المباشر» قبيل بيعها. وتبين أن هذه القطع خرجت من المتحف الإسلامى دون تسجيل فى أى دفاتر ودخلت قصر عابدين وخرجت منه أيضا دون تسجيل فى أية دفاتر أو مستندات، وبحسب المعلومات التى تلقتها اللجنة القضائية من مصادر أثرية شاركت فى ترميم القصور الرئاسية فقد تمت سرقة نحو 4200 قطعة أثرية من الآثار الثمينة فى المتحف الإسلامى، خلال السنوات الثلاث التى أغلق فيها المتحف أثناء عملية ترميمه وتجديده، واتضح من المعلومات أن المتحف كان يضم نحو 7500 قطعة أثرية، نهب منها نحو 4200 قطعة ولم يتبق سوى 1200 قطعة معروضة فى المتحف، ويوجد فى المخازن نحو 3 آلاف قطعة معظمها «هالك». وكشف أحد أفراد الحراسة الذين شاركوا فى عملية تأمين قصر عابدين أن تهريب المقتنيات الأثرية بدأ بعد يومين من جمعة الغضب واستمر 4 أيام، موضحا أنهم لم يفرغوا محتويات القصر من المقتنيات الأثرية فقط، بل امتد الأمر للوثائق والمستندات التى كانت موجودة داخل قصر عابدين، نافيا علمه بطبيعة هذه المستندات أو إلى أين ذهبت، إلا أنه أكد أنها خرجت «أمام عينه» وتم تحميلها على سيارات نقل صغيرة أو سيارات إسعاف. وأوضح «الحارس» أن أفراد الحراسة ومن وجد من العاملين بالقصر ومن شارك فى نقل المقتنيات توقعوا نقلها إلى أماكن أخرى خشية من اقتحام المتظاهرين للقصر ونهب هذه الثروات، خاصة أنه كانت هناك دعوات لمحاصرة قصر عابدين ومقر الرئاسة بمصر الجديدة، أثناء الثورة وقبل تنحى الرئيس السابق.