بعد إعلان وزارة الداخلية المصرية مسئولية جيش الإسلام الفلسطيني عن حادث التفجير الذي استهدف كنيسة القديسين بالإسكندرية ظهر رد فعل حركة حماس المعارض لبيان وزارة الداخلية المصرية ونفت حركة "حماس" وجود أي صلة بين تنظيم القاعدة ونشطاء المقاومة في غزة بل أن الحركة دعت مصر لتقديم الأدلة التي تدعم اتهامها لتنظيم جيش الإسلام بالوقوف وراء حادث تفجير كنيسة القديسين في الإسكندرية كما نفى جيش الإسلام مسؤوليته عن الهجوم وقال أن ليس له مسئولية عن الحادث من قريب أو من بعيد بل أن التنظيم إتهم إسرائيل والموساد بالوقوف وراء التفجير . وأكد المتحدث بإسم حركة "حماس" طاهر النونو لوكالة رويترز للأنباء إن الحركة تؤكد عدم تواجد تنظيم القاعدة في قطاع غزة وأضاف أن جميع الفصائل والجماعات الفلسطينية تشهر أسلحتها فقط في وجه إسرائيل ولا تشهر سلاحها في وجه إخوانهم من العرب مسلمين أو مسيحيين . وكان اللواء حبيب العادلي وزير الداخلية أكد أن حكومة بلاده لديها دليل على أن تنظيم جيش الإسلام الفلسطيني المرتبط بتنظيم القاعدة وراء التفجير الذي تعرضت له كنيسة القديسين في الإسكندرية ليلة رأس السنة، وأدى إلى مقتل 23 شخصا وإصابة العشرات.