نفت مطرانية المنيا للأقباط الأرثوذكس ما وصفته ب"الافتراءات" عليها من قبل بعض مسؤولي جمعية قبطية ادعوا أن المطرانية تسعى للاستيلاء على أرض ملجأ خيري. وأوضحت المطرانية أن مجلس إدارة الجمعية تعمد افتعال أزمات مع المطرانية، وأن أعضاء بمجلس إدارة الجمعية يصرون على احتلال أرض وقف قبطي مملوك للمطرانية، ومسجل بهيئة الأوقاف القبطية. وكانت بوادر أزمة نشبت بين مجلس إدارة جمعية "جنود المسيح" القبطية ومطرانية المنيا، بسبب النزاع على ملكية قطعة أرض في مدينة المنيا، أبدت مطرانية المنيا رغبتها في إقامة مستشفى عليها يخدم أبناء محافظة المنيا، بينما اعترض مجلس إدارة الجمعية بدعوى أنها خاصة بملجأ للبنين، أحرق خلال تداعيات ما بعد فض اعتصامي رابعة والنهضة. وقال القمص إبرآم زكي، وكيل مطرانية المنيا للأقباط الأرثوذكس إن الأرض وقف قبطي منذ الأربعينيات، وإن المطرانية لديها حجة بهذا الوقف مسجلة بهيئة الأوقاف القبطية، تحت عنوان "حجة وقف رقم 18 متتابعة باسم المرحوم أمين أفندي إبراهيم ميخائيل". وأضاف وكيل مطرانية المنيا أنه لا توجد أية علاقة إيجارية أو انتفاع بين المطرانية وجمعية "جنود المسيح"، كما أن الاعتداءات التي تعرضت لها قطعة الأرض وما عليها من إنشاءات خلال أغسطس من عام 2013 تسببت في عدم صلاحية هذه الإنشاءات للاستغلال ولابد من رد الشيء لمالكه طبقًا للقانون المصري، على حد قوله. وتابع القمص إبرآم قائلاً إن مجلس إدارة الجمعية يفتعل مع المطرانية أزمات ولديه أزمات داخلية، وإذا ثبت للمطرانية وجود تلاعب في الأوراق أو ادعاء ملكية هذه الأرض ستلجأ المطرانية للقضاء ضد المتلاعب ونحمله مسؤولية التزوير. كان مجلس إدارة جمعية جنود المسيح القبطية أصدر بيانًا بشكل استغاثة لرئيس الجمهورية يقول فيه: "استغاثة عاجلة إلى سيادة رئيس الجمهورية عبد الفتاح السيسي.. نتقدم نحن أعضاء مجلس إدارة جمعية جنود المسيح القبطية المشهرة تحت 402 لسنة 1966 باستغاثة عاجلة إلى فخامتكم حيث تقوم حاليًا لجنة الأوقاف بمطرانية المنيا بالاستيلاء على أرض ملجأ الأيتام التابع لجمعية جنود المسيح القبطية وتغير نشاطها إلى مستشفى لصالح مطرانية المنيا".