قال اللواء محمد إبراهيم وزير الداخلية السابق خلال شهادته في قضية سجن بورسعيد، أن الحالة الأمنية وقت الأحداث كانت تستدعى فرض حالة الطوارئ وحظر التجوال إلى أن هدئت الأوضاع الأمنية بمدينة بورسعيد. وعن سؤال الدفاع بخصوص تعليمات مرسي خلال خطابه بشأن التعامل بحزم مع أحداث بورسعيد، أجاب الشاهد بأنه لم يكن هناك تعليمات من الرئيس الأسبق محمد مرسي، وأن كل القرارات التي صدر ت كانت من مجلس الدفاع الوطني مضيفاً بأنه يمكن الرجوع ل"مرسي" في ذلك الأمر، ليشير القاضي إلى المحامي إلى إمكانيه سؤاله عند سماع أقواله بمحبسه . كانت النيابة قد وجهت للمتهمين أنهم بتاريخ 26 و27 و28 يناير 2013 قتلوا وآخرون مجهولون الضابط أحمد أشرف إبراهيم البلكي وأمين الشرطة أيمن عبد العظيم أحمد العفيفي و40 آخرين عمداً مع سبق الإصرار والترصد بأن بيتوا النية وعقدوا العزم على قتل رجال الشرطة والمتظاهرين المدنيين وذلك عقب صدور الحكم في قضية مذبحة استاد بورسعيد، ونفاذا لذلك الغرض أعدوا أسلحة نارية واندسوا وسط المتظاهرين السلميين المعترضين على نقل المتهمين في القضية أنفة البيان الى المحكمة.
وأضافت النيابة أن المتهمين انتشروا في محيط التظاهرة بالقرب من سجن بورسعيد العمومي والشوارع المحيطة به وعقب صدور الحكم أطلقوا الأعيرة النارية من أسلحة مختلفة صوب المجني عليهم قاصدين من ذلك قتلهم فأحدثوا بهم الإصابات الموصوفة بتقرير الطب الشرعي والتي أودت بحياتهم.