تناولت الإدارة الأمريكية من زعيم تنظيم القاعدة الجديد الدكتور أيمن الظواهري الذراع الأيمن للشيخ أسامة بن لادن الزعيم السابق للتنظيم الذي اعتبرته صورة باهتة لأسامة بن لادن وحذرته بأن مصيره سيكون مصير سلفه. ووصف المسئولون الأمريكيون الرجل الثاني السابق في القاعدة والبالغ من العمر 59 عاما بأنه عديم الخبرة القتالية، قائلين إنه لا يفتقر فقط إلى الكاريزما ومهارات القيادة لكنه أيضا شخصية مثيرة للخلاف ويمكن أن يتسبب في تحطيم القاعدة. وتناولت جريدة الديلي تلغراف ما قاله الأدميرال مايكل مولن رئيس الأركان المشتركة، للظواهري بأن يتوقع نفس المعاملة التي عوقب بها بن لادن الذي قتلته قوات أمريكية خاصة في غارة على مخبئه في باكستان يوم 2 مايو ، حيث قال مولن كنا نسعى لاعتقال وقتل بن لادن وقد نجحنا في ذلك، وسنفعل بالتأكيد الشيء نفسه مع الظواهري. ومن جانبه لم يخف وزير الدفاع روبرت جيتس ازدراءه، وحذر بأن إعلان تنصيب الظواهري زعيما للتنظيم يجب أن يؤخذ على أنه تذكير باستمرار تهديد القاعدة ، وألمح جيتس أيضا إلى احتمال وجود ارتياب داخل القاعدة بسبب الجنسية المصرية التي يحملها الظواهري وهي النقطة التي أثارها مسئول كبير في الإدارة الأمريكية في وقت سابق. وقال ذلك المسئول إن الظواهري لم يظهر قيادة قوية أو مهارات تنظيمية خلال الوقت الذي قضاه في تنظيم القاعدة أو في السابق عندما كان في جماعة الجهاد الإسلامية في مصر. وأضاف أن تصعيده لمركز القيادة من المحتمل أن يثير انتقادا إذا لم يكن نفورا وانشقاقا داخل التنظيم. وأشارت الإدارة الأمريكية أن الظواهري لم يكن لديه أي خبرة قتالية فعلية وأنه فضل بدلا من ذلك أن يكون في الصفوف الخلفية بصورة باهتة ، ولم يكن لديه مقومات بن لادن. وأشارت الصحيفة إلى أن الظواهري كسلفه بن لادن ظل مختفيا منذ إعلان الولاياتالمتحدة حربها على الإرهاب بعد هجمات 11 سبتمبر 2001. ومن الجدير بالذكر أن الظواهري -الذي أصبح على قائمة أكثر المطلوبين في واشنطن الآن- سجن في مصر ثلاث سنوات، وتورط في اغتيال الرئيس المصري أنور السادات عام 1981 ومذبحة السياح في الأقصر عام 97. وكان أيمن الظواهري الذي صدر عليه حكم بالإعدام قد غادر مصر في منتصف الثمانينيات إلى السعودية لكنه سرعان ما توجه إلى مدينة في شمال غرب باكستان تسمي بيشاور ، حيث قاوم الاحتلال السوفييتي لأفغانستان واستقر بها ثم انتقل إلى أفغانستان والتحق بقوات بن لادن.