أكدت مصادر كنسية بأن هناك لقاءات تمت بين الفريق أحمد شفيق والأنبا مرقس أسقف شبرا الخيمة والأنبا بسنتي أسقف حلوان والمعصرة وعدد من القساوسة والكهنة لدعم الفريق شفيق بأصوات المسيحيين في انتخابات الجولة الأولى والإعادة وقد وضعت الكنيسة عدة طلبات وشروط لدعم شفيق . ونقلت " شبكة المخلص الإخبارية " عن المصدر الكنسي بأن من ضمن الشروط وضع نائب للرئيس مسيحية ورئيس وزراء مسيحي وهو ما رحب به الفريق مؤكداً أن هذه طلبات مشروعة لهم , ووضعت الكنيسة أيضاً عدة شروط ومن ضمنها شروط تخص الكنيسة , ومنها أن لا يحق لقوات الأمن اقتحام الكنائس أو رقابتها أمنياً وخصوصاً الأديرة وترك حرية العبادة والشعائر للمسيحيين . وطالبت الكنيسة أيضاً بعدم إخضاع الكنيسة للجهاز المركزي للمحاسبات ومنع الحكومة من أي رقابة مالية على الكنيسة ولا التبرعات الخاصة بالكنيسة , وإتاحة الفرصة للكنيسة للتدخل لعودة المسيحيين والمسيحيات الذين يدخلون الإسلام حيث يعطيهم الحق في المساهمة في عودتهم مرة أخرى للمسيحية وهو ما كان يتم في ظل النظام السابق . من رحب الأنبا بسنتي أسقف حلوان والمعصرة بهذه الطلبات مبدياً ترحيبه بوجود نائبة مسيحية ورئيس وزراء مسيحي , ورحب أيضاً قطاع كبير من المسيحيين بهذه الطلبات ورحب عدد من القساوسة ورموز الأقباط بعدم الرقابة على الكنيسة مالياً أو أمنياً وأكد القس الإنجيلي إكرام لمعي بأن المسيحيين سيكون أصواتهم للفريق أحمد شفيق . من جانبه أكد القمص مرقس عزيز - مقطع فيديو منتشر على الانترنت - من أقباط المهجر بأن الفريق أحمد شفيق سيصوت له الاقباط لأنه حسب قوله يمثل الدولة المدنية ويحافظ على حقوق الأقباط وسيخلص على انتشار الإسلام وأن من سيصوت لمحمد مرسي يكون داعماً للدولة الإسلامية . وأكد وكيل مطرانية سمالوط بأن من سيصوت للدكتور محمد مرسي خائن للكنيسة وللمسيحية وأنه لابد على كل مسيحي أن يصوت للفريق أحمد شفيق حتى تحافظ الكنيسة على هيمنتها في الدولة وعلى المسيحيين .