انتهت الجمعية التأسيسية من تبويب وتصنيف المقترحات والتعديلات المقدمة من أعضاء الجمعية حول الفصل الثانى من "باب نظام الحكم" الخاص بالسلطة التنفيذية والسلطات العامة، وكانت قد وردت تعديلات من 20 عضوا فى أكثر من 30 مادة. أول تعديل كان للمادة 134 قدمته مجموعة عمرو موسى المنسحبة، وتنص على "رئيس الجمهورية هو رئيس الدولة، وهو رئيس السلطة التنفيذية، يرعى مصالح الشعب، ويحافظ على استقلال الوطن، وسلامة أراضيه، ويراعى الحدود بين السلطات، ويباشر اختصاصاته على النحو المبين فى الدستور". وطالبت المجموعة بإضافة فقرة "ويعمل على احترام الدستور وسيادة القانون ويراعى الحدود بين السلطات". وبالنسبة للمادة 135 وتنص على "ينتخب رئيس الجمهورية لمدة أربع سنوات ميلادية تبدأ من اليوم التالى لانتهاء مدة سلفه، ولا يجوز إعادة انتخابه إلا لمدة واحدة، وتبدأ إجراءات انتخاب رئيس الجمهورية قبل انتهاء مدة الرئاسة بتسعين يوما على الأقل، ويجب أن تعلن النتيجة قبل نهاية هذه المدة بعشرة أيام على الأقل، ولا يجوز لرئيس الجمهورية أن يشغل أى منصب حزبى خلال مدة الرئاسة". طالب عدد من الأعضاء أن تكون المدة الجديدة لرئيس الجمهورية تالية لمدته الأولى، فيما طالب أحمد شريف أن تكون مدة الرئاسة خمس سنوات لتتساوى مع البرلمان. وفى المادة 36 تنص على "يشترط فيمن يترشح رئيسا للجمهورية أن يكون مصريا من أبوين مصريين، ولم يحمل جنسية دولة أخرى السنوات العشر السابقة على الترشح، وأن يكون متمتعا بحقوقه المدنية والسياسية، وألا يكون متزوجا من غير مصرى، وألا تقل سنه يوم فتح باب الترشح عن أربعين سنة ميلادية"؛ طالب اللواء مجد الدين بركات ومجموعة عمرو موسى ألا يحمل مرشح الرئاسة أو أى من والديه جنسية أخرى، فيما طلب الدكتور محمد محيى حذف عبارة "خلال السنوات العشر". وفى المادة 138 وتنص على "ينتخب رئيس الجمهورية عن طريق الاقتراع العام السرى المباشر، وذلك بالأغلبية المطلقة لعدد الأصوات الصحيحة، فإذا لم يحصل أى مرشح على هذه الأغلبية، تجرى الإعادة بين المرشحَين اللذين حصلا على أعلى الأصوات". (وفى حالة التساوى فى المركز الأول تجرى الإعادة بين المتساوين فى هذا المركز، وإذا كان التساوى فى المركز الثانى تجرى الإعادة بين صاحب المركز الأول والمتساوين فى المركز الثانى). وفى كل الأحوال، يعلن فوز الحاصل على أعلى الأصوات الصحيحة فى انتخابات الإعادة، فإن تساوى اثنان أو أكثر فى عدد الأصوات يعقد مجلسا البرلمان جلسة مشتركة لاختيار أحدهم لهذا المنصب، بالأغلبية المطلقة لعدد أعضائهما المنتخبين. وينظم القانون إجراءات انتخابات رئيس الجمهورية"؛ طالبت مجموعة عمرو موسى إعادة الانتخاب مرة ثالثة فى حالة تساوى مرشحى الرئاسة فى عدد الأصوات فى الجولة الثانية وذلك بدلا من ترك الأمر للبرلمان للفصل فيه. وحول نص المادة 139 "فى حالة وجود مرشحين اثنين فى الجولة الأولى لانتخابات رئيس الجمهورية، ثم توفى أحدهما أو حدث له مانع قهرى يمنعه من الاستمرار، يعاد فتح باب الترشح؛ أما إذا تنازل أحدهما فيجب أن يحصل المرشح الآخر على الأغلبية المطلقة لعدد الأصوات، وإلا يعاد فتح باب الترشح من جديد، وفى حالة وجود مرشحين اثنين فى انتخابات الإعادة ثم توفى أحدهما أو حدث له أى مانع آخر، يحل محله التالى له مباشرة فى عدد الأصوات الصحيحة"؛ طالبت مجموعة عمرو موسى بإعادة صياغة النص ليكون: "فى حالة وجود مرشحين اثنين فى الجولة الأولى لانتخابات رئيس الجمهورية ثم توفى أحدهما أو تعرض لحدث يمنعه من الاستمرار أو تنازل أحدهما عن الترشح يعاد فتح باب الترشح من جديد، وفى حالة وجود مرشحين اثنين فى انتخابات الإعادة ثم توفى أحدهما أو حدث له أى مانع آخر أو تنازل أحدهما عن الترشح يحل محله الثانى له مباشرة فى عدد الأصوات الصحيحة فى الجولة الأولى. وتنص المادة 141 على "يحدد القانون المعاملة المالية لرئيس الجمهورية، ولا يجوز له أن يتقاضى أى مرتب أو مكافأة أخرى، أو أن يزاول أثناء توليه المنصب بالذات أو بالواسطة مهنة حرة أو عملا تجاريا أو ماليا أو صناعيا، ولا يجوز له بالذات أو بالواسطة أن يشترى أو يستأجر شيئا من أموال الدولة، أو أن يؤجرها أو يبيعها شيئا من أمواله، أو أن يقايضها عليه. ويتعين على رئيس الجمهورية تقديم إقرار ذمة مالية عند توليه المنصب وعند تركه، وفى نهاية كل عام يعرض على مجلس النواب، وإذا تلقى بالذات أو بالواسطة هدايا نقدية أو عينية تئول ملكيتها إلى الخزينة العامة للدولة، وذلك كله على النحو الذى ينظمه القانون. طالبت مجموعة من الأعضاء بإضافة عبارة: "أو أن يبرم معها عقدا بوصفه ملتزما أو موردا أو مقاولا" فى نهاية الفقرة الأولى، وإضافة "وأقاربه من الدرجة الأولى" بعد عبارة "ويتعين على رئيس الجمهورية"، كما طالب أحمد شريف بإضافة حكم للنص يقضى بضمان الدولة "لرئيس الجمهورية معاشا مناسبا وحياة كريمة له ولأفراد أسرته عند انتهاء مدته الرئاسية". ودعت مجموعة عمرو موسى إلى إعادة صياغة المادة 142 لتصبح "يسمى رئيس الجمهورية رئيس الوزراء من ممثلى حزب الأغلبية أو الأكثرية بحسب الأحوال، ويكلفه بتشكيل الحكومة خلال ثلاثين يوما على الأكثر وعلى رئيس الوزراء التقدم ببرنامج حكومته إلى مجلس النواب خلال ثلاثين يوما على الأكثر من تاريخ تشكيلها، طالبا بمنحه الثقة، فإن لم يحصل على ثقة مجلس النواب بالأغلبية لأعضاء المجلس يتقدم باستقالته فورا، وفى هذه الحالة يعين رئيس الجمهورية رئيسا آخر للوزراء ويكلفه بتشكيل الحكومة ويعرض رئيس الوزراء برنامج حكومته على مجلس النواب، فإن لم يحصل على ثقة أعضاء المجلس خلال ثلاثين يوما من تشكيل الحكومة يصدر رئيس الجمهورية قرارا بحل مجلس النواب والدعوة لانتخاب مجلس جديد خلال ثلاثين يوما على الأكثر من صدور قرار الحل". وبالنسبة للمادة 143 وتنص على "يضع رئيس الجمهورية السياسة العامة للدولة، ويشرف على تنفيذها، بالاشتراك مع الحكومة"؛ طالبت مجموعة عمرو موسى بإعادة صياغة النص ليصبح: "يشرف رئيس الجمهورية على وضع السياسة العامة للدولة"، كما طالبت فى المادة 148 بأن تكون الموافقة على المعاهدات التى تتعلق بحقوق السيادة أو يترتب عليها تعديل فى أراضى الدولة بأغلبية ثلثى أعضاء البرلمان. وفى المادة 149 وتنص على: "رئيس الجمهورية هو القائد الأعلى للقوات المسلحة، ولا يعلن الحرب ولا يرسل القوات المسلحة إلى خارج الدولة إلا بعد أخذ رأى مجلس الدفاع الوطنى، وموافقة مجلس النواب بأغلبية عدد الأعضاء"؛ طالبت مجموعة موسى بأن يشترط أغلبية ثلثى أعضاء مجلس النواب بدلا من أغلبية عددهم لإعلان الحرب أو إرسال قوات إلى الخارج، كما اشترطت فى المادة 151 بألا يعلن رئيس الجمهورية حالة الطوارئ إلا بعد أخذ رأى رئيسى مجلسى البرلمان أو أحد المجلسين بأغلبية أعضائهما. وطالب محمد شريف فى المادة 152 بأن يقتصر حق رئيس الجمهورية فى العفو عن العقوبة على الجرائم السياسية فقط، واشترطت مجموعة عمرو موسى فى المادة 153 بأن تكون دعوة رئيس الجمهورية للاستفتاء فى المسائل المهمة بناء على اقتراح مجلس الوزراء أو أحد مجلسى البرلمان.