كشفت الأممالمتحدة أن سلطات الانقلاب تلقت رسائل حول حالات الاختفاء القسري أكثر من أي دولة أخرى، وفقا لمقرر الأممالمتحدة الخاص المعني بالمدافعين عن حقوق الإنسان. وقالت ماري لولور، التي تحدثت في الماضي عن الاعتقال الواسع النطاق والاحتجاز السابق للمحاكمة للنشطاء في مصر إن "مصر تلقت اتصالات أكثر من أي دولة أخرى إقليميا وعالميا منذ مايو 2020". ومن بين البلاغات ال 78 التي قدمتها إلى الفريق العامل المعني بحالات الاختفاء القسري أو غير الطوعي، قدمت سبعة بلاغات إلى مصر. يساعد الفريق العامل التابع للأمم المتحدة العائلات التي تبحث عن أحبائها من خلال تقديم تقارير إلى الحكومات ومطالبتها بإجراء تحقيقات في الحالات. تستخدم حكومة الانقلاب الاختفاء القسري بشكل منهجي ضد معارضي النظام، وهو يسبب ضائقة خطيرة لأسر الضحايا الذين لا يحصلون على أي معلومات بشأن مصيرهم. وفي عام 2020 قالت المفوضية المصرية لحقوق الإنسان إن "2,723 شخصا اختفوا على مدى خمس سنوات في مصر داخل مقرات الأمن الوطني وغيره من مرافق الاحتجاز الرسمية وغير الرسمية في جميع أنحاء البلاد". وغالبا ما يتعرض المختفون قسرا للتعذيب، مثل القضية البارزة للطبيب البيطري والناشط البيئي والسجين السياسي الدكتور أحمد عماشة. في سبتمبر 2019 استأنف عماشة قرار محكمة جنايات القاهرة بالإفراج عنه ، خوفا من اختفائه قسرا مرة أخرى وتعذيبه مرة أخرى. وكما كان يخشى، أُطلق سراح الدكتور عماشة في أكتوبر 2019 وأعيد اعتقاله في يونيو 2020 واختفى قسرا وعذب بشدة حتى كُسر أحد أضلاعه. وسلطت الشبكة المصرية لحقوق الإنسان الضوء مؤخرا على قضية عبد الرحمن الزهيري المفقود منذ أكتوبر 2019 واختفائه قسرا على يد قوات الأمن عندما كان عمره 17 عاما فقط. وفقا لمنشور على فيسبوك للشبكة الأوروبية لحقوق الإنسان، تم إيقاف الزهيري في منطقة الدرب الأحمر بالقاهرة من قبل ضباط الأمن الوطني في ثياب مدنية الذين فتشوا هاتفه المحمول وهواتف أصدقائه، ثم اقتادوهم إلى وجهة مجهولة ، حيث لم يتمكنوا من الاتصال بعائلاتهم. ذهب ضباط الأمن الوطني إلى منزل الزهيري وفتشوا غرفته، لكنهم لم يكشفوا عن مكانه، وفقا للشبكة الأوروبية لحقوق الإنسان، قال محتجزون سابقون إنهم "رأوا الزهيري داخل مقر الأمن الوطني في العباسية". وفي يناير، كشفت الشبكة الأوروبية لحقوق الإنسان أن سلطات الانقلاب احتجزت جثة سجين لمدة ست سنوات بعد اختفائه قسرا، دون إبلاغ أسرته بما حدث له ، تعرض محمد جمعة يوسف عفيفي للتعذيب الشديد لدرجة أنه أصيب بنوبة قلبية وتوفي بعد أقل من شهر من اعتقاله.