أعلن بكل وضوح رفضه للانقلاب العسكري الدموي وطالب بعودة الشرعية والرئيس المنتخب والدستور المستفتى عليه، وكلفه هذا الموقف الكثير، فالدولة العميقة وأجهزتها المتشعبة مارست ضده التضييق والإقصاء والاتهامات المختلقة ليس هو فقط بل كل شرفاء القضاء يتم الآن قمعهم وممارسة سياسة تصفية الحسابات معهم لدرجة وصفها ب"مذبحة جديدة" لأحرار القضاة. واستنكر شرابي ما قام به القضاء من تقيد حرية الرئيس الشرعي المنتخب الدكتور محمد مرسي ومنعه من أداء مهام منصبه، وحبس رئيسي مجلسي الشعب والشورى عن تهم نعلم جميعا حقيقتها، وحبس كل من خرج ونادى بالشرعية وحقه في اختيار من يمثله ووصل الحد إلى أحكام جائرة في حق النساء والأطفال والطلبة، وامتناع النيابة العامة عن التحقيق في مجازر شاهدها العالم والتي تمثلت في رابعة والنهضة والحرس الجمهوري والمنصة ورمسيس و6 أكتوبر..وغيرها. شرابي كان له مع نخبة من أحرار القضاء دورا في التصدي لمحاولات تزوير الانتخابات خلال سنوات المخلوع مبارك، وها هو يحاسب بأثر رجعي على مواقفه المشرفة وبشكل انتقامي ومسيس بعيدا عن العدالة حيث تم استبعاد رموز استقلال القضاء من الإشراف على الاستفتاء على دستور الانقلاب الباطل حتى لا يفضحوا التزوير تحت حكم الانقلاب كما تم إحالة بعض القضاء إلى الصلاحية والتأديب، ولكنه يتقبل كل التعنت معه وإيذاءه في عمله بقوله :" هذا أقل تضحية مقارنة بمن فقد حياته ومن فقد حريته". وأكد شرابي موقفه المؤيد للشرعية عقب صدور قرار محكمة شمال القاهره بإيقافه عن العمل في سبتمبر الماضي، بقوله إن لمصر رئيس شرعى واحد هو السيد الرئيس الدكتور محمد مرسى والذى تم أسره على يد قادة الإنقلاب العسكرى والذى لا تعرف أية جهة قضائية مكان إحتجازه بالرغم من التحقيقات التى جرت مع سيادته ، وشدد على أنه لا يعترف بغيره رئيسا للبلاد وأنه يشاركه هذا الرأى الكثير من السادة القضاة ، وهذا هو أصل الخلاف بينه وبين من أيد وساند ودعم وشارك فى هذا الإنقلاب من بين القضاة. ورفض "شرابي" ازدواجية المعايير في التعامل مع القضاة مؤكدا أن من بين القضاة من شارك فى أحداث إنقلاب يونيو الماضى وهتف من على منصة ميدان التحرير ومنهم من ظهر على الفضائيات واقفا يؤدى التحية العسكرية لقادة الإنقلاب فلم نسمع عن إيقاف أيا منهم عن العمل، وأنه قد يتفهم أن يتم محاسبة أيا ممن شارك من القضاة فى أى جانب ، ولكن أن تتم محاسبة مؤيدى الشرعية ويغض الطرف عن مؤيدى الإنقلاب فهو أمر لا يتفق مع والعدالة فى شئ . وكشف أن هناك من القضاة من استولى على حكم البلاد في ظل انقلاب عسكري ومنهم من استولى على أراضٍ دون وجه حق ومنهم من زور الانتخابات ومنهم من حصل على هدايا من مؤسسات صحفية خاسرة بسبب وظيفته وجميعهم يستحقون المحاكمة ولكن يغض الطرف عن كل ذلك ما دام صاحبها مؤيدا للانقلاب، فأي عدالة تلك التي ترى محاكمته ولا تلتفت إلى هذه الجرائم . ويحكم القاضي الشريف منظومة قيمية تحكم مواقفه فهو يعتز بالإنتماء إلى الأسرة القضائية، ويتمنى أن يستمر فى أداء رسالته ى وهى إقامة العدل بين الناس وهى أشرف وأسمى الرسالات ولكن هذا الحب لهذه الرسالة لن يكون يوما سببا فى منعه من أن يصدع بكلمة الحق وإن لم تلقى قبولا لدى البعض خاصة من شاركوا فى هذا الإنقلاب. وفي 11 ديسمبر 2013 أعلن شرابي أسباب تقديم استقالته من منصة القضاء والتي كشفت عن ثباته ورؤيته لحال الأمة والقضاء ككل بقوله :"في ظل هذه المرحلة الحرجة التي يمر بها الوطن والمؤسفة في تاريخ القضاء أتقدم باستقالتي لأنني محال بيني وبين أداء عملي في ظل هذا الانقلاب وقد تكون عودتي مرهونة بزواله وعسى أن يكون ذلك قريبا". معلما الجميع أنه خلال عمله القضائي لم يباشر عملا سياسيا احتراما للقضاء ولكنها كانت كلمة حق في وقت صفق فيه كثير من القضاة للباطل. وكشفت الأسباب عما تعرض له من ظلم وجور على حقوقه الأدبية والمادية والقانونية أيضا فقد تعرض لإجراءات تعسفية منذ بداية الانقلاب فدون أي سند من القانون سوى التعسف منع عن ممارسة عمله منذ أغسطس الماضي وحتى الآن كذلك حرم من 80% من مستحقاته المالية الشهريةكذلك بالرغم من وجود مسحقات مالية لصالحه طرف الدولة سواء أثناء عمله مستشارا في وزارة المالية تعفف عن استلامها وكذا مستحقات مالية أخرى طرف وزارة العدل إلا أنه تعرض لحملة إعلامية كاذبة من مؤسسات إعلامية واسعة الانتشار وداعمة للانقلاب تقدح في ذمته المالية.وتمت إحالة شرابي لمجلس التأديب دون وجه حق وذلك لمحاسبته على حقه في حرية التعبير عن الرأي.