تشكل الجماعات الإرهابية المسلحة التي تنشط في تونس، مقصدًا رئيسيًا للعناصر الأجنبية في سوريا والعراق الذين تقوم قوات التحالف الدولي باستهداف معاقلهم هناك. رصدت "الوطن" أبرز تلك الجماعات التي باتت تشكل خطرًا على الشعب والأمن التونسي. أنصار الشريعة في تونس في عام 2000، قام سيف الله بن عمر بن حسين، والمعروف ب"أبو عياض" مع طارق المعروفي بتأسيس تنظيم عرف باسم "جماعة المقاتلين التونسيين" في جلال آباد وفي عام 2003 اعتقلته الشرطة التركية وسلمته للسلطات التونسية التي قامت بمقاضاته مع 43 شخصًا، وحكمت عليه بالسجن المؤبد بتهمة الإرهاب والانتماء لتنظيم القاعدة. وفي عام 2011 أطلق سراح أبو عياض بعفو عام بعد الثورة التونسية فأسس "تيار أنصار الشريعة"، الذي يقوده مع أبي أيوب والخطيب الإدريسي، في أواخر أبريل 2011، حيث قامت الجماعة بتأسيس عدة أذرع إعلامية لها بينها، مؤسسة القيروان للإعلام، وتطوير وسائل إعلام أخرى. وفي عام 2013 دعت الحركة إلى مؤتمر في القيروان أيضًا إلا أن الشرطة التونسية فضت المؤتمر بالقوة، وتم الإعلان عن اعتقال المتحدث باسم الحركة سيف الدين الرايس. وفي شهر أغسطس 2013 صنفت الحكومة التونسية جماعة "أنصار الشريعة" بأنها "تنظيم إرهابي" محملة إياها المسؤولية عن قتل سياسيين منهم محمد البراهمي وشكري بلعيد، إضافة إلى العديد من الجنود التونسيين لا سيما ما حدث في كمين في 2 يوليو 2013 الذي أودى بحياة 8 جنود منهم اثنان ماتا ذبحًا. كتيبة أو جماعة "عقبة بن نافع" تتمركز جماعة عقبة بن نافع أو "كتيبة" في جبل الشعانبي بتونس، وتبنت عدة عمليات معلن عنها في سبيل تهديد الأمن والشعب التونسي، دون تنفيذ حقيقي لهذه العمليات بما يعدها البعض "ظاهرة صوتية"، ورغم هذا فهي محاصرة من قوات الأمن التونسيةوالجزائرية على حد سواء، وقد سقط الكثير من عناصر الكتيبة بين الاعتقال والتصفية الجسدية. ويعد أشهر بيان للكتيبة على الإطلاق، الذي شبّه الشعب التونسي بكفار قريش والجيش التونسي ب"جيش الطاغوت". كما كشف فريد بن صالح بن علي البرهومي، الذي سلّم نفسه لقوات الأمن التونسي في يناير 2014، أن كتيبة عقبة بن نافع المتحصنة بالشعانبي تخطط للقيام بعمليات نوعية تستهدف الثكنة العسكرية بالعوينة ومقر وزارة الداخلية في تونس العاصمة وأحد النزل بسوسة. وفي 20 سبتمبر 2014 بايع عناصر كتيبة عقبة تنظيم "داعش" الإرهابي ودعوا له بالتقدم وتجاوز الحدود وتحطيم عروش الطغاة في كل مكان. الموقعون بالدماء تأسست حديثًا في 2012، ويقودها الجزائري الجنسية مختار بلمختار، وهو قيادي سابق في القاعدة بالمغرب الإسلامي ومحارب قديم في أفغانستان، وقد رفضت الجماعة بيعة تنظيم "داعش" الإرهابي، وأبدت ميلها أكثر نحو القاعدة. تنظيم القاعدة في المغرب الإسلامي انحدر التنظيم الذي يتزعمه عبدالمالك درودكال أو الذي يكنى ب"أبو مصعب عبدالودود" في يناير 2007 بعد أن غير اسمه من الجماعة السلفية للدعوة والقتال إلى تنظيم القاعدة في بلاد المغرب الإسلامي، ومن القادة البارزين الآخرين عمار سيفي نائب قائد الجماعة الذي يقضي حكمًا بالسجن المؤبد في الجزائر لاتهامه بخطف 32 سائحًا ألمانيا. ويقدر عدد التنظيم بين 300 و800 مقاتل أغلبهم من الجزائريين، فيما يتوزع الباقون على جنسيات مختلفة أبرزها موريتانيا وليبيا والمغرب وتونس ومالي ونيجيريا.