أثار مقترح الهيئة العامة للتخطيط العمراني بفصل مدينة وادي النطرون عن محافظة البحيرة وتحويلها لمحافظة مستقلة، ضمن مخطط الهيئة إنشاء خمس محافظات وثلاثة أقاليم جديدة على مستوى الجمهورية، حالة من الرفض الشديد بين القوى السياسية بالبحيرة، التي اعتبرت فصل وادي النطرون بمثابة الضربة القاضية لمحافظة البحيرة، بعد استقطاع مدينة السادات منها وضمها إلى المنوفية، لأن ذلك الفصل يحرم البحيرة من مشروعات مهمة من المنتظر إقامتها في وادي النطرون. وأكد أسامة سليمان، أمين حزب الحرية والعدالة بالبحيرة، أن فصل المدينة عن المحافظة يتعارض مع المعايير التي تحقق ميزة التنافس، مشيرا إلى أن الفصل يؤكد أن البحيرة ستبقى محرومة قبل وبعد الثورة، وسيؤدي هذا المقترح إلى زيادة معدلات البطالة. وأوضح أمين الحرية والعدالة أن الفصل ضد التنمية الشاملة، لأنه يحرم أهالي البحيرة من مشروعات قومية انتظروها طويلا من أجل توفير فرص عمل جديدة، مضيفا أنه إذا كان رأي هيئة التخطيط العمراني فصل وادي النطرون عن البحيرة، فإن أبناء البحيرة مع عودة مدينة السادات التي سُلبت منهم لمصالح النظام المخلوع. وأعلن اتحاد الثورة المصرية بالبحيرة رفضه التام لاستقطاع المدينة من المحافظة لتكون محافظة مستقلة، الأمر الذي سيؤدي لحرمان المحافظة من ظهيرها الصحراوي ومن العديد من الموارد التي تعود عليها من المشروعات الموجودة بالمنطقة. وأكد الاتحاد أن محافظة البحيرة تبدو وكأنها مغضوب عليها، حيث يتم حرمانها من المناطق الحيوية كما حدث سابقا عندما تم استقطاع مدينة السادات الصناعية وإضافتها للمنوفية بتعليمات من المخلوع مبارك. وتساءل محمد جرامون، رئيس اتحاد الثورة المصرية بالبحيرة، عن السبب الحقيقي وراء إنشاء خمس محافظات جديدة، الأمر الذي سيكلف الدولة مليارات من أجل إقامة المنشآت الحكومية والخدمية والأمنية في تلك المحافظات، ما يمثل عبئا جديدا على الموازنة العامة للدولة، في وقت يعاني فيه الاقتصاد المصري من مصاعب عديدة. وأكد جرامون أن الأمر بهذه الكيفية جعل البعض يتشكك في جدوى هذا القرار ومدى الفائدة التي ستعود منه، مشددا على ضرورة التزام الشفافية التامة في توضيح أسباب القرار والعائد منه.