طالب الدكتور محمد مختار جمعة وزير الأوقاف، بعدم ضم أموال صندوق الوقف الخيرى للموازنة العامة للدولة. وقال جمعة، خلال اجتماع لجنة الشئون الدينية والأوقاف بمجلس النواب المخصص لمناقشة مشروع القانون المقدم من الحكومة بشأن إنشاء صندوق الوقف الخيري، إن إشراك وزارتي المالية والتخطيط سيؤدي إلى حدوق ارتباكا ومنازعات ستعطل أهداف الصندوق، مشيرًا إلى أن استقلال الصندوق بموازنته واعتباره هدفًا مجتمعيًا واجتذاب الاستثمارات ذاتيًا سيحقق جدواه. ووافقة الرأى الدكتور علي جمعة رئيس لجنة الشؤون الدينية، مؤكدًا موافقة اللجنة على التعديلات التي أدخلها مجلس الشيوخ «الزيادة فيها بركة». كان مجلس الشيوخ برئاسة المستشار عبدالوهاب عبدالرازق، قد وافق نهائيا على مشروع قانون صندوق الوقف الخيري. وتأتى فكرة بإنشاء «صندوق الوقف الخيري» بضم كافة الفوائض لحسابات الأنشطة المتعددة والخاصة بأموال الوقف لتكون جميعًا تحت مظلة واحدة.يهدف مشروع القانون إنشاء صندوق يسمى «صندوق الوقف الخيري»، تكون له الشخصية الاعتبارية ويتبع رئيس مجلس الوزراء. ويكون مقر صندوق الوقف الخيري مدينة القاهرة، وله أن ينشئ فروعًا أخرى في جميع أنحاء الجمهورية، ويستهدف إنشاء الصندوق تشجيع نظام الوقف الخيري، لإقامة ورعاية المؤسسات «العلمية، الثقافية، الصحية، والاجتماعية». ومعاونة الدولة في إقامة مشروعات خدمية وتنموية، وكذلك المساهمة في تطوير مشروعات البنية التحتية، وتطوير العشوائيات، فضلاً عن المساهمة في الحد من ظاهرة أطفال الشوارع. ويكون للصندوق موازنة مستقلة، وتبدأ السنة المالية للصندوق مع بداية السنة المالية للدولة وتنتهي بانتهائها، كما يكون للصندوق حساب خاص برقم موحد بأي من البنوك الخاضعة لإشراف ورقابة البنك المركزي المصري أو الهيئة القومية للبريد، تودع فيه جميع موارده ويُرحل فائض أموال الصندوق من سنة مالية إلى أخرى، ويتم الصرف من الحساب وفقًا للقواعد التي يصدر بها قرار من مجلس إدارة الصندوق يشار إلى أن مجلس الشيوخ كان قد وافق على إعفاء أموال صندوق الوقف الخيري من جميع الضرائب والرسوم.ونصت المادة 10، من مشروع القانون بإعفاء أموال وعوائد الصندوق من جميع الضرائب والرسوم وضريبة القيمة المضافة، ولا تسرى على الصندوق أحكام قانون ضريبة الدمغة ورسم تنمية موارد الدولة، ولا يخضع لأي نوع من الرسوم والضرائب المباشرة المفروضة حاليًا أو التي تُفرض مستقبلاً، على أن يكون الإعفاء في حدود أهدافه. وتخصم التبرعات وغيرها من الموارد الموجهة للصندوق من الوعاء الضريبي للمتبرعين طبقًا للقواعد المحددة قانونًا.