بعد انقضاء نحو 6 أشهر على توليه مهام منصبه نائباً لرئيس الوزراء للشئون الاقتصادية ووزيراً للتعاون الدولى، فى يوليو 2013، يستقيل الدكتور زياد بهاء الدين من منصبيه الرسميين، اعتراضاً على سياسات الحكومة التى لطالما أبدى اعتراضه على إجراءاتها فى التعامل مع الوضع الأمنى والسياسى فى البلاد، البعض يرى أن «بهاء الدين» أطلق من منصبه نيراناً صديقة. آخرون من دونهم يرون أن وجود وزير التعاون الدولى لا ريب يتسبب فى ارتعاش يد الحكومة فى اتخاذ ما يلزم من قرارات جذرية. موقفاه من قانون التظاهر والمصالحة مع جماعة الإخوان كانا أبرز نقاط الاختلاف. لم يسلم أداء «بهاء الدين» كوزير للتعاون الدولى من النقد، حيث اتهمته أحزاب سياسية وخبراء اقتصاديون بإغراق الدولة فى الاقتراض وقبول قروض مشروطة بعضها يمثل تدخلاً فى الشأن المصرى، وأخرى تعلقت باتهامه بإهدار المال العام. ليست هذه هى المرة الأولى التى يلوح فيها «زياد» بالاستقالة لاعتراضه على وضع ما، وحتى إعلانه الاستقالة. ففى كنف نظام الرئيس الأسبق «مبارك»، شهد عام 2007 استقالة بهاء الدين من منصبه كرئيس للهيئة العامة للاستثمار، وفى 2011 استقال المسئول نفسه من منصب رئيس الهيئة العامة للرقابة المالية. شائعات استقالة «بهاء الدين» ما بين التأكيد والنفى مثلت حرجاً لحكومة الدكتور حازم الببلاوى، يرى البعض أن المستفيد منها هم الإخوان وأنصارهم. على الطرف المؤيد ل«بهاء الدين» ومواقفه، يبرر المحيطون به فى ديوان عمله عدم اضطلاع الخبير الاقتصادى المخضرم بمهامه الوزارية تماماً، لوجود عقبات خارجة عن إرادته. يبرر «بهاء الدين» أسباب استقالته ب«رغبته فى ممارسة دور أكثر اتساقاً وفاعلية عبر استئناف العمل السياسى والحزبى»، ولعل استئثار مسقط رأسه «أسيوط» دون غيرها بزياراته، عكس كثيراً مما ينوى الرجل القيام به عقب تركه عمله وهو الترشح فى الانتخابات البرلمانية. دافع الرجل بكل ما أوتى من قوة عن «30 يونيو»، غير أنه لم يجرؤ بالأسلوب ذاته على الدفاع عن معلمه الدكتور محمد البرادعى، الذى نالته حملات التخوين والتشويه عقب استقالته احتجاجاً على فض اعتصامى «رابعة والنهضة»، انتقد الأداء الحكومى مراراً وتكراراً، بدءاً من موقفه من قانون التظاهر، بل وحتى وهو يقدم استقالته، التى لم تخلُ هى الأخرى من النقد لكل متمعن. استقالة زياد بهاء الدين التى أودعها مكتب رئيس الوزراء جاء نصها هادئاً دون اتهام لأدائها مكتفياً بالإشارة إلى رؤيته لدوره فى الفترة المقبلة، وفى حال قبول استقالته، يعود الوزير إلى حزبه المصرى الديمقراطى الاجتماعى ليباشر العمل السياسى تحت مظلته.