أثارت أزمة اختطاف الدبلوماسيين المصريين في ليبيا عاصفة من ردود الفعل في أوساط المثقفين والنشطاء الليبيين، حيث حمّل جانب منهم حكومتي البلدين مسؤولية هذه الأزمة. من جانبه، اعتبر الدكتور إدريس القويضي، الباحث في مركز ليبيا للدراسات الاستراتيجية والمستقبلية، أن الحادث جاء رداً على اعتقال مواطن ليبي له شخصية اعتبارية في ليبيا، في ظل غموض أحاط بعملية اعتقاله، حيث لم تعرف السلطات الليبية أي أسباب عن اعتقاله وفوجئت بخبر اعتقاله عن طريق وسائل الإعلام. وأكد القويضي ل"الوطن"، أن اعتقال المواطن الليبي واختطاف الدبلوماسيين رداً على ذلك بمثابة تصرف خاطئ من مصر ورد فعل خاطئ من ليبيا، معرباً عن تمنياته في انفراج هذه الأزمة، نتيجة المصالح القوية والتاريخية بين مصر وليبيا والتي لا يجب أن تتأثر بهذه الحادثة. وأشار الباحث الليبي، إلى أن العلاقات المصرية- الليبية تشهد اهتزازاً بعد "الربيع العربي"، ولكنها علاقات تفرض نفسها نتيجة قوتها ومتانتها على جميع المستويات الشعبية والتاريخية. وتابع إدريس القويضي قائلا: ما تمر به العلاقات المصرية- الليبية الآن هي سحابة صيف وتحتاج إلى الوصول لصيغة من التفاهم عبر الحوار وزيادة التواصل بين البلدين على مستوى الحكومة والمجتمع المدني، وهذه الأزمة إنذار للبلدين لضرورة زيادة التنسيق الأمني بين البلدين، وتدل على ضعف التعاون الأمني بين البلدين، ووجود فجوة بين البلدين وعدم إدراك لأهمية العلاقات بينهما والظروف الحساسة التي تمر بها كل منهما". واختتم الباحث في مركز ليبيا للدراسات الاستراتيجية والمستقبلية تصريحاته بالقول: "نتمنى من السلطات الليبية أن تقوم بالتحرك للإفراج عن الدبلوماسيين المصريين المختطفين عن طريق التواصل على أعلى مستوى سواء عبر التفاوض مع الخاطفين، كما نتمنى أيضا أن يكون هناك تحرك مواز للإفراج عن المواطن الليبي المعتقل أو على الأقل الإعلان عن أسباب اعتقاله وتوفير كل السبل للتحقيق معه بشكل شفاف إذا كان هناك بالفعل تهم موجهة إليه. من جانبها، أدانت الناشطة الحقوقية الليبية، نسرين عامر، سفير المركز العربي الأوروبي لحقوق الإنسان والقانون الدولي بليبيا عملية خطف الدبلوماسيين، معتبرة أنها تعد "جريمة جنائية وخرق للقانون الدبلوماسي ووصمة شائنة بجبين ليبيا".