قضت محكمة القضاء الإداري الدائرة الثانية، في الدعوى رقم 4976 لسنة 65 ق، بإلغاء القرار السلبي بامتناع فضيلة الإمام الأكبر شيخ الأزهر عن إحالة كتاب "مذكرات الدعوة الداعية" المسجل برقم إيداع 5729 لسنة 1986 وكتاب "تاريخ الإخوان المسلمين" المسجل برقم إيداع 15934 لسنة 2003 إلى هيئة مجمع البحوث الإسلامية، وذلك لبيان حكم الشرع فيما احتوياه. وقالت المحكمة في حيثيات حكمها: "لا ريب في أن جماعة الإخوان المسلمين قد اتخذت لنفسها تنظيما هيكليا هرميا ابتدعت فيه ما يسمى بمرشد الجماعة ومكتب شورى الجماعة وغيرها من الترتيب المتدرج، حتى أصبحت كالخلايا السرطانية في جسد المجتمع، فهي لا تعد من خلاياه الطبيعية ولا هي تنفصل عنه، وهذا التنظيم في ذاته يحتاج إلى بيان رأى الشرع في مثل ذلك الكيان التنظيمي الذي لا يرقى ليكون مذهبا فقهيا كالمذاهب المعروفة بأصحابها وأتباعها، والتي عرف عنها تقبل الرأي المخالف وأصحابه، ولا هي ذات فكر مُجدد، وما يقوم عليه أتباعها من اعتناق مبدأ السمع والطاعة، ما أدى إلى وجود شوائب في الدين الإسلامي بثته هذه الجماعة من خلال كتبها ومعتقداتها، وقد ذكر منها المدعى في دعواه بعضا من هذه الشوائب، على النحو المبين بمذكراته وصحيفة دعواه". وتابعت الحيثيات: "من ثم فقد وجب على الأزهر الشريف في ظل الظروف الحالية حيث نشأ جيل من الشباب وفتح عينيه عليهم وسمعت أذنيه عنهم ووعى فكره من كتبهم، ووفقا لما ورد بواجبات مجمع البحوث الإسلامية من (تتبع ما ينشر عن الإسلام والتراث الإسلامي من بحوث ودراسات في الداخل والخارج للانتفاع بما فيها من رأي صحيح أو مواجهتها بالتصحيح والرد)، أن يبين ما أصاب هذا الفكر من الضلال ومقدار تعارضه مع مبادئ الدين الإسلامي الحنيف، الذى يقوم على المساواة والتسامح والأخوة بين جميع المسلمين، ومواجهته بالرد والتفنيد والتصحيح، الأمر الذى يتعين معه القضاء -من كل ما تقدم- بإلغاء القرار السلبي بالامتناع عن عرض الكتابين المشار إليهما على مجمع البحوث الإسلامية بالأزهر الشريف". واستكملت: "التعبير عن الآراء والأفكار وعن الإبداع بصوره المختلفة يجب أن يتم في إطار من احترام أحكام الدستور والقانون والنظام العام والآداب والمصالح العليا للدولة، إذ أن الإنسان في الدولة المدنية الحديثة تنازل عن جزء من حريته في سبيل الحياة في ظل دولة تتكون من مجموع الأفراد مما يجعل لها هوية دينية وسياسية وفكرية حسب ما توافق عليه المجموع-، وهذه الهوية تتكون من مجموع المبادئ والقيم الأساسية التي تعارف عليه المجتمع وتسمى بالنظام العام، بحيث لا يجوز لآحاد الأفراد أن يطعن في هذه الهوية أو يأتي من الأقوال أو الأفعال ما ينتقص منها ويؤذى ضمير الجماعة، أو يتعارض معها، وثقافة الاختلاف تقوم على التعددية في الرأي في المسائل التي تحتمل الرأي دون المسلمات التي توافق عليها المجتمع ككون الدين الإسلامي دين الدولة وحرية الأفراد في اعتناق الدين فلا اكراه في الدين، وأن المسيحية واليهودية من الشرائع السماوية التي تعترف بها الدولة، دون غيرها مما العبادات الأخرى على مستوى العالم، أو تحريم وتجريم الأفعال المنافية للفطرة الإنسانية السليمة".
