أعلنت حركه 6 ابريل المستقله بالمنوفية عن رفضها الكامل لتعيين الدكتور محمد علي بشر محافظاً للمنوفية لما يعرف عنه بإنتمائه لجماعة الإخوان المسلمين. وتسألت الحركة كيف يتم تعيين محافظ إخوانى لمحافظة أعطت 30 % فقط من أصواتها لمرشحهم في الرئاسة بغض النظر عن أنها أعطت ال 70 % المتبقية لمرشح فلول على حساب الإخوان. وأكدت الحركة على مدى إحترامها الكامل للدكتور محمد علي بشر كدكتور جامعي وله تقديره ومكانته العلمية والادبية والمهنية المشرفة ولكنها ترفضه كمحافظ للمنوفية. وأشار "محمد كمال" منسق الحركة إلى أنه بتعيين أحد أعضاء الجماعة كمحافظ للمنوفية دليل واضح على السير في طريق أخونة الدولة بطريقة واضحة. ويضيف أنه يطالب أن يتم تغيير الدكتور "بشر" وتعيين محافظ أخر يكون مناسبا لظروف البلد فنحن نريد محافظاً تكنوقراط ومدني أو يتم عمل إنتخابات للمحافظين ووقتها لن يعترض أحد على أنه إخواني أو لبيرالي أو حتى عسكري. يذكر أن الدكتور محمد مرسى رئيس الجمهورية قد اصدر قراراً بتعيين الدكتور محمد على بشر "أستاذ بقسم الهندسة الكهربية بجامعة المنوفية" محافظا للمنوفية خلفا للمستشار اشرف هلال.