استنكر الدكتور محمد البسطويسى – نقيب الأئمة والدعاة المستقلة ما يتعرض له الأزهر من هجمة شرسة من قبل السلفيين، ومحاولتهم النيل من هذه المؤسسة العريقة التى حفظت لمصر دينها وتراثها على مدار ألفا وخمسين عاما، وقال البسطويسى في تصريحات خاصة، هؤلاء السلفيون حديثى عهد بالسياسة، ولا يدركون مكانة الأزهر وتاريخه الشامخ العريق، مؤكداً أن الأزهر لن يكون مطمعا أو صيدا سهلا للسلفيين أو الإخوان أو أى فصيل يريد السيطرة عليه. واشار البسطويسي إلي أن السلفيين لديهم رغبه كبيرة فى تقليص دور الأزهر بمنهجه الوسطى والمعتدل بهدف نشر المذهب الوهابى، كما أن الإخوان يريدون أيضا السيطرة على هذه المؤسسة باعتبارها الملاذ الآمن للمصريين والعالم الاسلامى. وأضاف، "هذه المحاولات لن تفلح أبدا وسياسة التكويش التى يتبعها الإخوان للسيطرة على جميع مؤسسات الدولة لن تطبق أبداً على الأزهر، لأن رجالة وشيوخه وعلمائه سيقفون بالمرصاد لكل من تسول له نفسه النيل من مكانه الأزهر ورموزه وعلمائه، وتسأل البسطويسى قائلا: "اين انتم من ألف عام واين كنتم قبل ثورة 25 يناير؟.. فكيف لكم الآن أن تخوضوا فى حق الأزهر وعلمائه؟". وقال عبد الغنى هندى، رئيس الحركة الشعبية لاستقلال الأزهر، أن الأزهر الشريف ليس مكانا أوأشخاص بل هو منهج يرجع إلية أكثر من مليار و200 ألف مسلم على مستوى العالم، فهذا المنهج لن يستبدل أبدا بالمنهج الوهابى، وذلك لمخالفته للشخصية المصرية التى تحترم التعدديه. وطالب هندى المسؤولين فى الأزهر بسرعة التحرك ومواجهه هذه المحاولات بكل حزم من خلال محاور أساسية تتمثل فى إعادة هيكلة شاملة للأئمة والوعاظ وتدريبهم على أعلى مستوى لملىء الفراغ، وحتى لايتركوا الأمر لغير المتخصصين وغير الدارسين للتأثير على المواطنين، وبث أفكار وإصدار فتاوى ليست من الإسلام فى شىء، وكذلك تكثيف حملات التوعية من خلال دروس فى المساجد فى جميع المحافظات، بالإضافة إلى ضرورة إنشاء قناة تتحدث بأسم الأزهر تحافظ على وسطيته و تتصدى إلى الموجه العاتية من الفضائيات والمنالبر المتعددة التى تتحدث بإسم الإسلام وتحدث بلبلة وتشويه لصورة الإسلام. ولفت هندى إلى أن تكاتف جميع الجهود بكل مؤسسات الأزهر للحيلولة دون محاولات ما أسماه ب"أخونة الأزهر" هو الأمر الملح الآن، وقال " لابد أن يدرك الجميع بخطورة سيطرة الأخوان على الأزهر، وتحويله إلى مؤسسة هامشية وإبعادة عن الدور الوطنى الذى يقوم به والذى يثق به جميع المصريين مسلمين ومسيحيين".