تبقى العلاقة شائكة للغاية فيما بين الدكتور محمد مرسي في منصب رئيس الجمهورية والدكتور مرسي رئيس حزب الحرية والعدالة الجناح السياسي لجماعة الإخوان المسلمين، ليس الأمر بالسهولة التي يتصورها الكثيرون فهناك ملفات ستفتح بالضرورة بمرور الوقت فكون "مرسي" كان عضوا بجماعة الإخوان المسلمين ليس مفتاحاً لحل الاشكالية بين الجماعة ومؤسسات الدولة، فالجماعة نفسها كان يحرم عليها قطاعات عريضة من الدولة، وكن يكفي تقريرا واحدًا لأصغر مخبر في وزارة الداخلية في احد الطلاب المتقدمين لدخول كلية الحربية او كلية الشرطة في ان يقضي على احلامه نهائيا بمجرد ذكره لكلمة واحدة فقط "ينتمي لجماعة الاخوان المسلمين"، ومع وجود "مرسي" في اعلى منصب في الدولة وهو رئيس الجمهورية سيطرح السؤال نفسه هل نستطيع ان نشاهد فيلم " الإخوان في الجيش" و"الأخوان في الشرطة" على نسق افلام اسماعيل ياسين الشهيرة. الدكتور زكريا حسين الرئيس السابق لاكاديمية ناصر العسكرية يؤكد ان القوات المسلحة المصرية يطلق عليها المؤسسة الوطنية اي انها لا يوجد بها فرق بين مسلم ومسيحي وبين منتمي لتيار دون غيره، مؤكدا ان هذا الشعار يعني ضمنيا ان الاخوان المسلمين وغيرهم يحق لهم الالتحاق بالمؤسسة، والاختيار في الدخول من عدمه، يعتمد على مبدأ الكفائة فقط، اما ان نقول ان الحربية تمنع في دخولها ذو التيار الديني فهذا خطأ تماما ولا يحدث، مشيرا ان على مدار 35 عاما فى الجيش لم يرى ذلك. بينما يذهب اللواء محمود خلف الخبير العسكري ان القوات المسلحة تمنع ان يلتحق بها من كان ينتمي لتوجه سياسي، والربط الواضح ان الوحدات العسكرية دائما ما نجد مكتوبا في تعليماتها محظور على العسكريين ممارسة الحياة السياسية اي انه لا يحق ان يكون هناك توجه لضابط الجيش وهناك تقارير ترفع من قادة الوحدات تفيد بنشاط الضباط وتوجهاتهم واذا شعر القائد بنشاط من شانه ان يخالف الانضباط العسكري فانه يحول للامن الحربي والذي قد يعاقب الضابط المخالف الذي قد تصل عقوبته لان يفصل من الخدمة. بينما يقول العقيد محمد محفوظ المنسق العام لائتلاف ضباط لكن شرفاء ان وزارة الداخلية شهدت بالفعل ما يسمى التوغل الديني في الوزارة فبعد الثورة ظهر ما يسمى "الضباط الملتحين" وهو الامر الذي عارضته وزارة الداخلية في البداية لكنهم اخذوا حكما باستمرارهم في الخدمة والامر الذي من شانه ان يفتح مجالا للقول ان الشرطة هيئة مدنية كما ينص الدستور، لذا فان الالتحاق بها مفتوح للجميع وهو الامر الذي يعني ان الاخوان لهم الحق بالالتحاق بكلية الشرطة. ويشير الدكتور اسامة الغزالي حرب الرئيس السابق لحزب الجبهة الديموقراطي ان الاخوان بالهيمنة والسطوة التي تميز تاريخهم لا يستبعد ان يفعلوا اي شئ من شأنه ان يزيد إحكامهم على البلد والامر الذى يؤكد بالضرورة ان يحاولوا الحاق ابنائهم بالاجهزة المختلفة في وزارة الداخلية والجيش المصري، مضيفا انه في الاولى قد يكون الامر سهلا بحكم مدنية الشرطة، أما في الجيش قد يواجهون صعوبة على الرغم من ان الرئيس ينتمي للجماعة وله سلطة اختيار القرار الا انه سيواجه صعوبة في ادخال ذلك في القانون العسكري. بينما يرى الكاتب نبيل زكي القيادي بحزب التجمع ان الاخوان المسلمين اصحاب فكر يعتمد على السيطرة الكاملة لكي يشعروا بالاستقرار فهم يبحثون باستمرار عن الطمأنينة والأمن ولا يمانعون في ذلك ان يقتحموا كافة المجالات ومنها الجيش والداخلية وخاصة ان الدكتور "مرسي" هو ابن المؤسسة والتي تعتمد في فكرها على مبدأ الهيمنة قبل كل شئ حتى يتحقق الاستقرار له ولا عجب ان نرى ضباط شرطة ملتحين وضباط جيش ملتحين وهو امر قد يبدو غريبا الآن لكن في القريب قد تتغير الكثير من المفاهيم والرؤى. وبينما رفض الدكتور محمد مهدي عاكف المرشد العام السابق لجماعة الاخوان المسلمين التعليق على الامر قائلاً "هذا الامر سابق لآوانه"، بينما يرى الدكتور احمد ابو بركة القيادي بحزب الحرية والعدالة ان الإخوان مثل اي فصيل في البلد من حقه التواجد في جميع مناصب الدولة مهما كانت حساسيتها، وكذلك هذه المناصب يكون الترقي والالتحاق بها للكفاءات مع التأكيد ان عصر المجاملات لابد ان ينتهي سواء كان رئيسنا الدكتور مرسي ابن مدرسة الاخوان او غيره ولذا فتواجد الاخوان في الجيش او الداخلية لا مانع فيه ليس بصفتهم اخوان مسلمين ولكن بصفتهم من ابناء الشعب المصري.