بحسب مصادر كنسية مؤكدة، يستعد البابا تواضروس خلال الأيام المقبلة لاستبعاد خمسة من كبار الأساقفة من مواقع اتخاذ القرار فى الكنيسة باعتبارهم من رجال البابا شنودة المناوئين لأى جهود يقوم بها، على رأس هؤلاء الأساقفة يأتى الأنبا روفائيل منافس البابا فى الانتخابات البابوية، والذى رشحه تواضروس لمنصب سكرتير المجمع المقدس كنوع من التكريم له بعد الانتخابات، أما سبب الخلاف فهو الموقف المتشدد الذى يتخذه روفائيل من التقارب بين الطوائف المسيحية، وهو موقف مخالف لرأى البابا تواضروس الذى يرى أن (التنوع بين الطوائف شىء جميل)، وهو الرأى الذى عارضه روفائيل قائلًا أن التنوع (شىء غير جميل). الأنبا روفائيل يشغل منصب سكرتير المجمع المقدس،والذى رشحه تواضروس لتوليه، بعد منافسته له فى الانتخابات البابوية كنوع من التكريم له، وتم اختياره من قبل المجمع، لكن روفائيل أظهر مي لً شديدًا إلىالمحافظة على التقليد الآبائى فى الكنيسة، ورفض للتحديث الذى يسعى إليه البابا الحالى، لأنه سيفقد الكنيسة من عبقها وزخمها الأصولى. صرح روفائيل كثيرًا بأنه ضد وحدة الطوائف بمفهومها المتعارف عليه عند العامة، أى أن جميع الطوائف تصلى فى كنيسة واحدة، كما أنه حارب كثيرًا المحاولات التى تقوم بها الطائفة البروتستانتية لجذب الأرثوذكس للصلاة فى كنائسها. والجدير بالذكر أن التقارب بين الطوائف، واحدة من رغبات البابا تواضروس، والتى قال عنها «إن التنوع شىء جميل »، ورد عليه روفائيل «التنوع بين الطوائف ليس شيئًا جميلآ .» البديل الجاهز لروفائيل هو الأنبا دانيال أسقف المعادى ورئيس المجلس الإكليريكى الجديد، وسيتم اختياره فى مايو المقبل كسكرتير للمجمع المقدس، ويعود روفائيل إلى كنائسه فى وسط القاهرة كأسقف عام. أما الأسقف الثانى فهو الأنبا آرميا الأسقف العام ومدير المركز الثقافى، واجتمعت كل التكهنات، أن آرميا هو الرجل القوى فى الكنيسة الذى لا يستطيع أحد الاقتراب، بسبب إدارته للشبكة الإعلامية والسياسية للكنيسة، والتى يمارس خلالها نفوذه فى إدارة مجموعة من الملفات السياسية والاجتماعية، ومنها تنطلق علاقاته برجال الدولة. اصطدم آرميا كثيرًا بالبابا تواضروس، ونظرًا لقوة الرجل فإبعاده سيتطلب جهدًا كبيرًا وتدرج فى الأحداث، فمن إبعاده عن السكرتارية إلى تسليم إدارة القنوات التليفزيونية المسيحية للأنبا بيشوى مطران دمياط والبرارى، يستعد آرميا لتلقى الضربة الثالثة، بإبعاده عن المركز الثقافى الأرثوذكسى، ويتجرد من أذرع نفوذه وقوته، التى يمكن أن يواجه بها البابا. أما ثالث الأساقفة هو الأنبا يوأنس أسقف أسيوط الحالى والذى تم إبعاده من سكرتارية البابا وأزيح إلى خارج القاهرة، ويشتهر بأنه تنبأ لنفسه بأنه سيكون البطريرك ال 118 ، وذلك فى أواخر عهد البابا شنودة، وهو ما لم يحدث بتولى تواضروس كرسى الباباوية، وأثارت تلك النبوءة كثيرًا من اللغط والجدل فى الأوساط القبطية فبعدما تم استبعاده من انتخابات البطريرك الذى ترشح له انتقل بعد عامين إلى أسيوط. وعلى الرغم من رفض قطاع كبير لخلافة يوأنس للأنبا ميخائيل فى أسيوط، إلا أن البابا تواضروس وجدها فرصة سانحة لإبعاده بطريقة مقبولة. الاسقف الرابع الأنبا بولا أسقف طنطا، ورئيس المجلس الإكليريكى ل أحوال الشخصية السابق، تم إبعاده عن مركز اتخاذ القرار بتسليمه ما يرغب فيه، وهو الملف السياسى للكنيسة، أى أن يكون الوسيط بين الدولة والكنيسة، وذلك على الرغم من توليه رئاسة المجلس الإكليريكى لمدة 25 عامًا، وخلفه الأنبا دانيال صديق البابا تواضروس منذ أيام الرهبنة. ويعتبر بولا من أقوى أساقفة الكنيسة أثناء عهد البابا الراحل شنودة، ولكن تم تحجيم دوره فى بداية رئاسة البابا تواضروس للكنيسة. خامس الأساقفة هو الأنبا بيشوى أسقف دمياط، وسكرتير المجمع المقدس السابق، وصاحب محاكمات الكهنة والأساقفة الشهير. بدأ البابا تواضروس رئاسته للكنيسة بإقصائه من سكرتارية المجمع المقدس والمحاكمات الكنسية، وكان يمثل الرجل الثانى فى الكنيسة خلال عهد البابا شنودة،وسعى للترشح إلى منصب البابوية بعد موت البابا شنودة، لكنه استبعد من قبل اللجنة المكلفة بإجراء الانتخابات فضاع حلمه بالجلوس على كرسى مارمرقس وأن كان البابا قد احتاجه مره أخرى فاسند اليه ادارة ملف قنوات الكنيسة وظل حلم الرجل الثانى يداعب خيال بيشوى، إلى أن قضى عليه البابا تواضروس وتم تحجيمه واستُبدل بالأنبا روفائيل الذى لم يكن عند حسن ظن البطريرك فى فترة تواجده كسكرتير للمجمع المقدس.