تحاصر الاتهامات بالخروج عن العقيدة الأرثوذكسية، الأنبا رافائيل، سكرتير المجمع المقدس وأسقف كنائس وسط القاهرة، على الرغم من حرص الرجل على البعد عن الإعلام. وكان عدد من المواقع الإلكترونية تناقلت مقطع فيديو للأنبا رافائيل يقول فيه إن «العذراء مريم هى شريكة الخلاص الذى قام به السيد المسيح للبشرية»، وطالب من تداولوا الفيديو بمحاكمة الأنبا بحجة أنه حاد عن الإيمان الأرثوذكسى القويم. من جانبه نشر الأنبا الذى كان مرشحا على مقعد الكرسى البابوى فى الانتخابات التى جرت فى أعقاب رحيل الباب شنودة، بيانا عبر صفحة، كنائس وسط القاهرة قال فيه «ينتشر على اليوتيوب فيديو مفبرك لى يقول إن العذراء شريكة الخلاص، وهذه عقيدة غير أرثوذكسية ولم يحدث أننى علمت بها يوما، إن العذراء مريم لها كل الكرامة والمجد والتطويب لكنها ليست شريكة الخلاص بل هى نفسها كانت تحتاج خلاص المسيح». وحث الأنبا رافائيل بضرورة عدم الالتفات لمروجى ما سماه ب «الدسائس» التى تهدف لإشغال الجميع عن الخدمة ووحدانية الكنيسة. وقالت إحدى المجموعات الإلكترونية التى تروج الفيديو، إن الأنبا رافائيل يتهم أحد المواقع الإسلامية ويدعى «شباب الأمة» بفبركة هذا الفيديو؛ إلا أن تلك المجموعة أكدت أنه تصوير صحيح وغير مفبرك. وفى المقابل يقول مينا أسعد، مدرس اللاهوت الدفاعى، بأن الأنبا رافائيل مشهور بين الشباب القبطى بأنه رجل التعليم الأرثوذكسى، ولهذا حصد نسبة عالية جدا من الأصوات خلال ترشحه للانتخابات البطريركية السابقة. وأضاف أسعد، أن كثيرًا من الشباب تتلمذوا على يد رافائيل المتمسك بهويته الأرثوذكسية، مبدياً استغرابه من مطالبة البعض بمحاكمته على أمر لم يحدث على الإطلاق. وتابع أسعد: «الفيديو الذى صدر منسوبا إلى الأنبا رافائيل كان مقتصا فى الأصل بواسطة مجموعة من أحد المنتديات الإسلامية المتطرفة من إحدى عظات نيافته، وكان الغرض منه إلغاء السياق الذى قدمه ليظهر الأمر بصورة تعليم خاطئ لم يقدم منه من الأساس». وأبدى أسعد، استغرابه من توقيت ظهور وإعادة نشر الفيديو المقتص والذى تم عرضه للمرة الأولى منذ ما يزيد على العامين على المنتديات الإسلامية دون مشاهدات لم تصل إلى مائة مشاهدة خلال عامين، معتبراً أن الدعوة لمحاكمة رافائيل تحمل فى باطنها إهانة للمجمع المقدس والبابا تواضروس، وإظهارهم أنهم لم يتخذوا إجراء ضد رافائيل. لم يتوقف الأمر عند حدود المقاطع المصورة، بل تبعه خبر يشير إلى إطاحة رافائيل بالقمص مكارى يونان وعزله، وبحسب الخبر المتداول، فإن يونان قد بدأ فى سحب البساط من رافائيل بكثرة معجبيه والأعداد الضخمة للحاضرين لاجتماع القمص مقارنة بالأعداد التى تحضر اجتماع الأسقف، فدبر لمحاكمته لأنه يتبع منهجا بروتستانتيا فى الكنيسة أو أنه يحاول تهجيره إلى كندا. ونفى أحد القائمين على اجتماع يونان عزل القمص، مؤكداً أنه يمارس مهام عمله الطبيعية. فيما تداول عدد من النشطاء فيديوهات للأنبا رافائيل تهاجم البروتستانت والطوائف الأخرى مثل الفيديو الذى هاجم فيه القمص داود لمعى مهرجان «احسبها صح» الإنجيلى فى حضور الأنبا رافائيل، وتباينت ردود الأفعال للنشطاء الأقباط بشأن ذلك المقطع بين مؤيد ومعارض.