اثارت تصريحات السلفيين عن زيارة الرئيس للكاتدرائية موجات غضب عارمة بين شيوخ الازهر حيث أعتبر الدكتور أحمد كريمة، الشيخ بالازهر و أستاذ الشريعة الإسلامية ، تصريحات القيادي السلفي سامح عبد الحميد الذى حرم زيارة الرئيس السيسى الى الكنيسة مطابا اياه بالتوبة الى الله ب"شاذة"، ومكانها "سلة القمامة"، مضيفا أن الدعوة السلفية تتبع الفكر التكفيري والمتطرف. وقال كريمة إن تهنئة الأقباط بأعياد ميلادهم نوع من البر الذي أوصى به رسول الله نحو الأقباط، مشيرا إلي أن رسول الله شارك يهود المدينة فى احتفالاتهم بالصيام لنجاة سيدنا موسي المعروفة ب"عاشوراء"، وأصبحت سُنة متبعة إلي يوم القيامة. وأكد كريمة، أن زيارة الرئيس عبدالفتاح السيسي للكنيسة تعتبر موقفا وطنيا، يدل على فهمه الواعي للمواطن، وعدم التفرقة بين المواطنين في دولة مدنية حديثة، معتبرا أن الزيارة يتشرف بها المسلمون قبل المسحيين، وتجسد روح التسامح والإنسانية والوسطية في واقعة غير مسبوقة من رؤساء الدولة من قبل. وطالب أستاذ الشريعة بالأزهر، الجهات المعنية برفع دعوى قضائية ضد مثيري الفتن الطائفية من مشايخ الدعوة السلفية، الذين يحتقرون "الشريعة المسيحية"