اعربت العديد من المنظمات الحقوقية كالمركز العربى الاوروبى لحقوق الانسان والقانون الدولى و مركزالدلتا للدفاع عن الحقوق والحريات وغيرها عن إدانتها وإستنكارها الشديد للإعلان الدستوري المكمل الصادر عن المجملس الأعلى للقوات المسلحة وماتلاه من قرارات بقوانين عن رئيس المجلس وتؤكد المنظمات أن تلك القرارات التي صدرت عن المجلس الأعلى ونشرت بالجريدة الرسمية تكشف عن إصرار شديد لتحجيم صلاحيات الرئيس إلى أقصى حد ممكن وهو مايعد إنقضاضآ وإنتقاصآ من صلاحيات رئيس منتخب من مجلس غير منتخب معين من قبل الرئيس المخلوع بأكمله لايعبر عن طموحات وأمال الثورة المصرية والشعب المصري . وتشدد المنظمات على أن ما صدر من قوانين وقرارات والإعلان الدستوري المكمل أيضآ بعد صدور المؤشرات الأولية لإنتخابات رئاسة الجمهورية قد صدر ت جميعها في فترة ريبة مؤكدة ليقينية تخلي المجلس عن العديد من إختصاصاته للرئيس المنتخب ، كما أن تلك القرارات تصب في مجملها لتعظيم دور أعضاء المجلس الأعلى للقوات المسلحة بأشخاصهم في الشأن السياسي المصري وتحصينهم ضد العزل وهو وضع غير مسبوق في كافة الدول والدساتير العالمية والمصرية المتعاقبة ، وهو مايمثل إنحرافآ بالسلطة التشريعية بما يخالف المصالح العليا من أجل مصالح خاصة وهو مايذكرنا بممارسات النظام السابق، والجدير بالذكر أن المجلس الأعلى للقوات المسلحة بتشكيله الحالى يضم مدير جهاز المخابرات العامة ، بما يعني أن القوات المسلحة وجهاز المخابرات المصري خارج سيطرة الرئيس المنتخب أيآ ماكان وهو وضع غير مقبول بأي شكل من الأشكال. وكان المجلس الأعلى للقوات المسلحة قد أصدر إعلانآ دستوريآ مكملآ أكد في ماتضمنه من مواد على إختصاصه بتشكيله القائم بكافة شئون القوات المسلحة وهو مايعني إلغاء أية صلاحيات لرئيس الجمهورية على قوات مصر المسلحة وهو وضع شاذ وغير مألوف يجعل وزير الدفاع المصري في وضع أعلى من رئيس الجمهورية وتضمن الإعلان العديد من المواد الأخرى التي يمكن التعليق عليها ونقدها وبالرغم من إعتراضات العديد من اطياف وفئات المجتمع على الإعلان الدستوري إلا أن المجلس أصدر العديد من القرارات الأخرى منها قرار تعيين رئيس لديوان رئيس الجمهورية وهو تعدي صارخ وواضح على إختصاصات الرئيس المقبل والدليل على ذلك أن المجلس العسكري سكت عن تعيين رئيس للديوان من لحظة القبض على زكريا عزمي وتنحيته حتى الأن وهو مايدلل على نية المجلس العسكري بل وصل الأمر بالمجلس إلى النص في القرار على تشكيل لجنة برئاسة رئيس الديوان المعين من قبل المجلس العسكري وبموظفين تم تحديد أسمائهم على سبيل الحصر في القرار تختص بالشئن المالية وشئون الأفراد ، كما أصدر العسكري من ضمن ما أصدر من قرارات قرار تشكيل مجلس الدفاع الوطنى واضعآ الغلبة فيه للعسكريين من أعضاء المجلس الأعلى للقوات المسلحة ، تجدر الإشارة هنا إلى أن تشكيل هذا المجلس قد ورد ضمن الإعلان الدستوري الصادر في مارس 2011 إلا أنه لم يشكل إلا بعد انتهاء التصويت فى الانتخابات الرئاسيه ، وكذا أصدر المجلس قرارآ بتعديل قانون الإنضباط العسكري لإتاحة حق تعديل لائحةالإنضباط العسكري لوزير الدفاع القائد العام للقوات المسلحة ، كي لا تكون هناك حاجة لرئيس الجمهورية في هذا الشأن ، حيث خلا الإعلان الدستوري الصادر في مارس وكذا الإعلان المكمل الصادر مؤخرآ من أي ذكر لمنصب القائد الأعلى للقوات المسلحة. لذلك فإن االمنظمات الموقعة ادناه تؤكد على أن الإعلانات الدستورية لاتفرض إلا بإرادات شعبية وإذا ما فرضت بغير ذلك نكون أمام إنقلاب عسكري لا ثورة شعبية وهو مايؤكد على إنه في حالة إصرار المجلس العسكري على هذا الإعلان فإنه يجب عرضه على الشعب في إستفتاء شعبى عام فورآ ، بحيث تكون الكلمة الأولى والأخيرة للشعب في هذا الأمر ، وكذا ضرورة إتاحة الفرصة للرئيس المنتخب لإعادة النظر في كافة القرارات التي إتخذها المجلس العسكري أمس والمتعلقة بعمله وصلاحياته المتفق عليها والمنصوص عليها في الإعلان الدستوري. وأخيرآ فالمنظمات تشدد على أن موقفها هذا يأتي إنطلاقآ من إيمانه الشديد بضرورة تطبيق دولة سيادة القانون دولة مؤسسية لاتبغي فيها سلطة أو جهة أو قوة على أيآ من سلطات أو جهات الدولة الأخرى ، وتشدد إدارة المركز أنها تقف على الحياد بين جميع التيارات السياسية وأنها لاتبغي إلا مصلحة هذا البلد وشعبه وأمنه وسلامة أراضيه وحمايته من الفتن