قامت الدائرة 11 إرهاب بمحكمة جنوبالقاهرة المنعقدة بمعهد أمناء الشرطة، بفض الأحراز بجلسة محاكمة الرئيس الأسبق محمد مرسي، وعدد من قيادات جماعة الإخوان في القضية المعروفة إعلامياً ب "التخابر مع حماس"، باستعراض الأحراز، بعرض محتوى محضر مؤرخ بتاريخ 9 يناير 2011، الساعة 1 مساءً، بمعرفة الرائد محمد مبروك، الضابط بمباحث أمن الدولة، وهو من صحيفة واحدة، أثبت به أنه وردت له معلومات مؤكدة من أحد مصادره السرية، والتي أكدتها تحرياته. وكان مضمون تلك المعلومات هو قيام القيادات الإخوانية من مكتب الإرشاد، وعلى رأسهم مرشد الجماعة محمد بديع، بعقد عدة لقاءات بمقر التنظيم بالمنيل، تم خلاله مناقشة وتدارس دعوة العناصر الشبابية والناشطين السياسيين لتنظيم التظاهرات بتاريخ 25 يناير 2011، بالتزامن مع الإحتفال بعيد الشرطة، وتدخل عناصر الجماعة وكوادرها للمشاركة في تلك التظاهرات، توطئة لتحركها بما يخدم مخططاتها، وتوجهات التنظيم الدولي الإخواني، الذي يستهدف إشاعة الفوضى بالبلاد والوثوب على السلطة، تمهيدًا لإقامة خلافة إسلامية. وأضاف مُحرر المحضر أنه تمكن من رصد صدور تكليف من الإخواني محمد مرسي – عضو مكتب الإرشاد، المشرف على القسم السياسي المركزي بالهيكل التنظيمي الإخواني، لكل من الإخوانيين محمد سعد الكتاتني ومتولي عبد المقصود للسفر الى دولة تركيا، للإلتقاء مع الإخواني هناك أحمد عبد العاطي لإطلاعه على تطورات الأحداث بمصر، وتدارس إمكانية إستثمار الجماعة للأحداث المتوقعة بالبلاد، واستغلالها بما يخدم رغبات الجماعة، فضلاً عن الوقوف على آخر مستجدات الموقف الأمريكي من تلك الأحداث. وانتهى المحضر بطلب متابعة هؤلاء العناصر واتصالاتهم السلكية واللاسلكية لرصد مخططاتهم العدائية، ومُرفق به كشف من صحيفة واحدة بأسماء العناصر الإخوانية المطلوب متابعتهم وهم محمد بديع، محمد سعد الكتاتني، محمد مرسي. تعقد الجلسة برئاسة المستشار محمد شيرين فهمي وعضوية المستشارين عصام ابو العلا وحسن السايس وسكرتارية حمدي الشناوي وأسامة شاكر.
وكانت قد قضت محكمة النقض فى وقت سابق بإلغاء أحكام الإعدام والمؤبد بحق الرئيس المعزول محمد مرسى و21 آخرين فى قضية للتخابر مع حماس وقررت إعادة المحاكمة
وكانت محكمة جنايات القاهرة أصدرت فى 16 يونيو 2015 حكمًا بإعدام خيرت الشاطر ومحمد البلتاجى، وأحمد عبد العاطى بينما عاقبت بالسجن المؤبد محمد مرسى ومحمد بديع و16 أخرين والسجن 7 سنوات للمتهمين محمد رفاعة الطهطاوى، وأسعد الشيخة
حيث كانت محكمة النقض قد أصدرت حكمها بإعادة محاكمة المتهمين الجديد بعد أن قضت محكمة جنايات القاهرة برئاسة المستشار شعبان الشامي بمعاقبة كل من المتهمين محمد خيرت الشاطر ومحمد البلتاجي وأحمد عبد العاطي السيد محمود عزت ومتولي صلاح الدين عبد المقصود وعمار السيد البنا وأحمد رجب سليمان والحسن خيرت الشاطر وسندس شلبي وأبو بكر حمدي واحمد محمد الحكيم ورضا فهمي خليل ومحمد أسامة محمد العقيد وحسين القزاز وعماد الدين عطوة وإبراهيم فاروق الزيات بالإعدام شنقا.
كما أصدرت حكمها بمعاقبة كل من المتهمين محمد بديع ومحمد مرسي العياط وسعد الكتاتني وعصام العريان وسعد الحسيني وحازم عصام الحداد ومحيي حامد وأيمن علي سيد احمد وصفوه حجازي وخالد سعد حسنين وجهاد الحداد وعيد محروس وإبراهيم خليل وكمال السيد محمد وسامي أمين حسن السيد وخليل أسامة ومحمد محمد العقيد بالسجن المؤبد عما اسند لكل منهما ومعاقبة كل من المتهمين محمد رفاعة الطهطاوي وأسعد الشيخة بالسجن لمدة 7 سنوات عما اسند لكل منهما.