انتقد الإعلامي باسم يوسف مقدم برنامج "البرنامج" ، آداء مؤسسة الرئاسة فى التعامل مع مشكلات الموطنين، ومن أهمها حالة الإحتقان المستمرة بين التيار الإسلامي بطوائفه المختلفة وبين الشيعة، رافضاً أسلوب التحريض على الشيعة، الذي ظهر جلياً أمام الرئيس محمد مرسي من جانب الشيخ محمد عبد المقصود نائب رئيس هيئة الإصلاح والتنمية . وأضاف يوسف عبر حسابه الشخصى عبر موقع التواصل الإجتماعي "تويتر"، قائلاً " رئيس دولة يجلس ويسكت في حضرة من يحرض على الشيعة ويلقبهم بالانجاس فلا تندهش إذا تم حرقهم في بيوتهم. اول رئيس محرض منتخب" .
— Dr Bassem Youssef (@DrBassemYoussef) June 23, 2013