استحدثت لجنة نظام الحكم بالجمعية التأسيسية للدستور، مادة جديدة، تقضي بأن يتقدم رئيس الجمهورية باستقالته وجوبا، في حالة طرحه حل مجلس الشعب في استفتاء، ورفض الشعب حل المجلس. فى حين اتفقت اللجنة، على منح رئيس الجمهورية، في الدستور الجديد، صلاحيات تعيين وزيري الدفاع والخارجية، باعتباره مسؤولا عن الأمن القومي، والسياسة الخارجية.
واكد صلاح عبدالمعبود عضو اللجنة، أن اللجنة وافقت أيضا على أن يقوم الرئيس بإعلان الحرب بعد موافقة مجلس الشعب، ويحظر على الرئيس إرسال قوات خارج البلاد إلا بعد موافقة مجلس الشعب والأمن الوطنى.
وأضاف بأنه تم استحداث مادة جديدة في باب السلطة التشريعية بتحصين مجلس الشورى، وتحويل اسمه إلى "مجلس الشيوخ" في الدستور الجديد.
أوضح عبدالمعبود أنه في حالة خلو منصب الرئيس بالاستقالة أو العجز الدائم عن ممارسة مهام منصبه، يقوم مجلس الشعب بإعلان خلو المنصب ويخطر المفوضية العليا للانتخابات التي تم استحداثها، ويقوم بمباشرة مهام الرئيس بصفة مؤقتة نائب الرئيس، ثم يليه رئيس مجلس الشعب، ثم رئيس مجلس الشيوخ، بشرط ألا يترشح أحدهم في حال توليه مهام السلطة إلى انتخابات الرئاسة،على أت يتم اختيار رئيس جديد للجمهورية خلال 90 يوما.
وتابع عضو اللجنة، أنه تم الاتفاق على أن إعلان الرئيس لحالة الطوارىء، يكون بعد موافقة مجلس الوزراء، وعلى الوجه المبين في القانون، ويتم عرض القرار على مجلس الشعب خلال أسبوع، وإذا كان مجلس الشعب منحلا يتم عرض القرار على مجلس الشيوخ، وتكون مدة الطوارىء لا تزيد عن 6 أشهر، ولا يجوز مدها إلا بعد استفتاء شعبي.