أعلن الباحث والباحث الأزهرى إبراهيم الهضيبى عن رفضع لتعين الدكتور محمد يسرى إبراهيم كوزيراً للأوقاف فى حكومة الدكتور هشام قنديل . وقد كتب الهضيبى عبر صفحته الخاصة بالفيس بوك " أرفض تعيين محمد يسري إبراهيم وزيرًا للأوقاف، وأتمنى أن تكون شائعة، وهذا شخص أسقطه الشعب في الانتخابات، فإذا به لقوة صلته بأحد أهم قيادات الإخوان، يظهر في الجمعية التأسيسية الأولى والثانية، وكأن هذا القيادي يصالحه على الخسارة بتوزيع المناصب عليه، ما هكذا تدار الدول، وما هكذا يكون احترام الشعوب " . وأضاف " هذا الشخص الذي يرتدي الزي الأزهري هو أول الخارجين على منهج الأزهر الهادمين له، وفي هذا تدليس وخديعة تدل على ضعف في الأخلاق، أنا أحترم السلفي الذي يعلن ذلك أكثر ألف مرة من الذي يرتدي زي الأزهر ليخدع الناس، خاصة إن كان يعرف أنه يخدعهم، وهو يعرف أن منهجه ليس منهج الأزهر، وهو يرفض منهج الأزهر ويعتبره بدعيًّا".