تم تصنيف سبعة برامج دراسات عليا تقدمها الجامعة ضمن أفضل خمسة برامج للدراسات العليا في أفريقيا، وضمن أفضل 200 برنامج للماجستير على مستوى العالم، وذلك في تقرير Eduniversal عن العام الأكاديمي 2013-2014. تضمنت البرامج ثلاثة من برامج الدراسات العليا التي تقدمها كلية إدارة الأعمال على أنها الأفضل أفريقياً، واحتلت برامج الماجستير في الصحافة والإعلام المرتبة الثانية على المستوى الأفريقي، بينما حازت المرتبة الثالثة على المستوى الأفريقي برامج الماجستير في الإدارة العامة وبرامج الماجستير في القانون الدولي والمقارن وبرامج الدراسات العليا في هندسة الإلكترونيات مع التركيز على إدارة التكنولوجيا. وقال الدكتور حامد علي، رئيس قسم السياسات والإدارة العامة، "نشعر بالسعادة الغامرة لفوز الجامعة بهذه المرتبة. فالبرنامج يمثل نقطة تحول في مصر والمنطقة بأسرها. وقد تضافرت عدة عوامل في نيل الجامعة هذه المكانة المرموقة، بدءًا من الكفاءة العالية التي يتمتع بها أعضاء هيئة التدريس، إلى جودة الأبحاث المقدمة، ووصولاً إلى حالة التفاعل القائمة بين الطلاب وأعضاء هيئة التدريس. ويقدم البرنامج مجموعة من الأساتذة المرموقين والذين جاءوا من أفضل المؤسسات التعليمية في العالم، مما كان له أكبر الأثر في جذب الطلاب المتميزين الذين يطمحون إلى أن يكونوا رواداً في مجال الإصلاح السياسي والإداري في مصر والمنطقة العربية بأسرها." وقد تحول البرنامج وتطور ليكون واحداً من البرامج الرائدة في مجال السياسات العامة، حيث تضمن المنهج المقدم المزيد من أدوات التحليل القوية والفعالة مما كان له أكبر الأثر في تطور البرنامج ونموه السريع. ,و يقول علي، "نحن نستند في تقديمنا للبرنامج إلى أحد أهم التقاليد المتبعة في الجامعة الأمريكية بالقاهرة، ألا وهو التميز والريادة في مجال الأبحاث. ونحن نعمل حتى الآن على تطوير مجموعات البحث وذلك في مجالات السياسات الاجتماعية والاقتصادية، والإدارة والحكم المحلي، إلى جانب مجال حل المنازعات واقتصاديات السلام." استندت التصنيفات إلى النتائج الخاصة بمسح شامل تضمن العديد من الطلاب وعدد من الكليات في أكثر من 600 مؤسسة تعليمية على مستوى العالم. وبالإضافة إلى ما سبق، فقد شمل البحث بعض مديري الموارد البشرية، وبرامج للماجستير مرتبطة بحوالي ثلاثين تخصصا مختلفا وذلك على المستوى المحلي والمستوى الدولي. ويتحدد تصنيف البرنامج وفقاً للمكانة والسمعة التي يحظى بها البرنامج، وفرص العمل المتاحة أمام خريجيه، ومستوى أول راتب يحصل عليه الطالب عقب تخرجه، بالإضافة إلى مستوى رضاء الطلاب بخصوص جودة المحتوى التعليمي المقدم. وأكد الدكتور هاني سيد، رئيس قسم القانون، "يأتي هذا الاعتراف الذي يتكرر للسنة الثانية على التوالي كشهادة على مدى الجهد المبذول من جانب أعضاء هيئة التدريس والعاملين في قسم القانون ومدى التزامهم بتطبيق البرنامج بكل تفاصيله، ويأتي أيضاً كشهادة حية على حرصنا الشديد على تقديم أفضل برنامج ماجستير متاح في القانون بتلك الإمكانيات المتواضعة إلى حد كبير.