أقام عدد من المفتشين والأئمة بمديرية أوقاف كفر الشيخ، دعوى قضائية ضد الدكتور خالد موسي لمدير عام المديرية، حملت رقم 3678، وذلك بسبب تعنته مع المفتشين بعدم صرف المكافآت الخاصة بخطبة الجمعة، حيث لم يتم صرف مكافأة 50 جنيهاً لعدد 48خطبة جمعة، بما يعادل 2400جنيه، حسب القرار 93لسنة 2012م. وأضافت الدعوى، أن المدير العام تعنت مع المفتشين بمنع حصولهم على محاضرات أو ندوات أو قوافل توعية أو مسابقات، وإنما هذا قاصر على أناس معينين رغم أن المفتش هو الذي يعاني الأمرين في الذهاب للإدارة والمرور على المساجد، وتنفيذ قرارات الوزارة والتحقيق في المخالفات، واتهموا المدير العام بالتعنت أيضا مع المفتشين، بتصميمه على تنفيذ قرار 70 الذى يقضى بنقل الإمام الذى قضى في مسجده ثلاث سنوات، رغم أن وزير الأوقاف ألغى هذا القرار، لحين تعديله مما تسبب فى العديد من المشاكل للمفتشين.