أكد الدكتور سعد الدين إبراهيم، رئيس مركز ابن خلدون للدراسات الاستراتيجية ومنسق عام الحركة الوطنية المصرية، أن سبب عدم اختياره في لجنة الخمسين لتعديل الدستور المصري يرجع لأجهزة ما سماها ب"الدولة العميقة أو الأجهزة المخابراتية والمباحثية". وأضاف: إبراهيم خلال لقاء مع برنامج "نقطة نظام"، الذي يقدمه حسن معوض، على قناة "العربية"، "إن كان لدى هذه الأجهزة ملف لك من أيام سيدنا نوح فإن هذا الملف لا يختفي أبداً"، مؤكداً أنه لا يشعر بأي ندم لوساطته بين جماعة الإخوان المسلمين والغرب. وبينما وافق إبراهيم على أن ثورتي 25 يناير و30 يونيو من المفترض أن تقضيا على الدولة العميقة أو تحدا من نفوذها، إلا أنه رأى أن الأنظمة عندما تسقط من جراء ثورات يظل جزءًا من أنقاضها قائماً، -على حد قوله-.