استغل قادة جماعة الاخوان المسلمين والمؤيدين للرئيس "المعزول" محمد مرسي ،انفجارات رفح ، وفتحوا النار علي الجيش المصري ووصفوا قادته وضباطه بالخيانة وانهم يحاولون تغيير عقيدة الجيش القتالية ، مستغلين مارددته بعض وكالات الاجنبية عن أسباب انفجار رفح والتي اعادتها الي قيام طائرة اسرائيلية باختراق الحدود المصرية وقصف منصة صواريخ اعدتها مجموعة جهادية ب"رفح" ، وهو مانفاه تماما بيان المتحدث العسكري للقوات المسلحة، لكنهم رفضوا تصديق ذلك وواصلوا الهجوم. وبدأت الهجمة الاخوانية "المتسرعة" بتصريحات للدكتور عصام العريان -نائب رئيس حزب الحرية والعدالة- ،والذي تسائل "هل تم تغيير العقيدة القتالية للجيش المصرى؟" مشيراً إلى أن ما ذكرته الاسوشيتدبرس عن تنسيق بين الجيش المصرى وغارة الطيران الصهيونية داخل الأراضى المصرية وقتل مصريين بقنابل إسرائيلية بغض النظر عن التفاصيل "خطير". في حين علق الاعلامي علاء صادق علي انفجارات رفح ، قائلا : " إسرائيل بتجس النبض في سيناء، بطيارة بدون طيار وصاروخ يقتل 5 مصريين ، المرة الجاية الضرب الإسرائيلي في السويس وبورسعيد". بينما أكد الدكتور أحمد عارف المتحدث الإعلامى لجماعة الإخوان المسلمين أن قادة الجيش المصرى حاليا يحاولون تغيير العقيدة القتالية للجيش المصرى ليصبح موجها إلى الداخل المصرى. وقال عارف : هناك محاولات مستمرة على قدم و ساق من قادة الإنقلاب العسكري لتغيير العقيدة القتالية للجيش المصري كله من أجل إعادة تعريف معنى "العدو" ، ليصبح موجها إلى الداخل المصري ، وذلك بزرع الكراهية ونشر الشائعات والكذب بالدعاية السوداء. وأضاف عارف: والآن نسمع عن إجرام العدو الصهيوني على الحدود المصرية وإختراق حدوده و قتل أبناء الشعب المصري ، و ذلك بعد اعتراف إسرائيل بالوضع الجديد في مصر منذ اللحظة الأولى ، بل و إشادتها بالسيسي ، ليصبح ما حدث كاشفا لكل مصري وطني أن العدو الحقيقي هو في الخارج والجيش المصري لن يقع في فخ مواجهة صدور أبنائه . في حين وصف الناشط الاخواني أحمد المغير ، ضباط الجيش المصري ب "الخونة" ، وذلك في تعليقه علي حادث انفجارات رفح ، قائلا : "جاء اليوم الذي تدخل فيه طيارات الصهاينة وتقتل مصريين بمباركة تامة من قيادات الجيش ، ولن اتسامح اي ضابط في الجيش موافق على مايحدث واعتبره خائنا مثل قياداته - حسب قوله- . واضاف المغير ، قائلا : " لن استغرب إذا وجدت قيادات الجيش تفوض قوات صهيونية لفض اعتصامات الأحرار في مصر" - حسب قوله-. من جانبه، هاجم مذيع الجزيرة أحمد منصور المتحدث العسكرى للقوات المسلحة مؤكدا أنه يحاول إستغفال العالم بنفيه وقوع هجمات إسرائيليه على سيناء بالرغم من حديث الإعلام عن هذه الواقعة لمدة 3 ساعات. وقال منصور على حسابه على تويتر: بعد ثلاث ساعات من حديث الإعلام الإسرائيلي والعالمي عن هجوم إسرائيل علي سيناء الناطق العسكري المصري يستغفل العالم وينفي وقوع هجمات مصر وكان المتحدث العسكرى أصدر بيان قال فيه : فى إطار ما تم تداوله فى وسائل الإعلام بشأن ملابسات إنفجارى منطقة "العجرة" برفح والإدعاء بوجود هجمة بطائرات إسرائيلية بالتنسيق مع الجانب المصرى ... تؤكد القوات المسلحة على الاتى : لا تزال عناصر القوات المسلحة تقوم بتمشيط المنطقة المحيطة بموقع الإنفجار ترافقها عناصر فنية وتخصصية لجمع الأدلة للوقوف على أبعاد وملابسات الحادث. لا صحة شكلا وموضوعاً لوجود أية هجمات من الجانب الإسرائيلى داخل الأراضى المصرية كما أن الإدعاء بوجود تنسيق بين الجانبين المصرى والإسرائيلى بهذا الشأن هو أمر عار تماماً من الصحة ويخالف العقل والمنطق . تهيب القوات المسلحة بوسائل الإعلام تحرى الدقة عند تداول مثل هذه المعلومات لما تمثله من خطورة بالغة على الأمن القومى وتمس سيادة الدولة المصرية وهو الأمر غير المقبول بأى حال من الأحوال حيث أن الحدود المصرية خط أحمر لم ولن يُسمح بالمساس به .