شهدت محافظات المرحلة الثانية العديد من الانتهاكات التي شابت عملية التصويت بالمخالفة لنصوص القانون وقرارات اللجنة العليا للانتخابات والتي رصدها مراقبو الجمعية المصرية لدعم التطور الديمقراطي. دارت الانتهاكات حول أحداث عنف ومشاجرات بين المرشحين واستمرار وجود دعاية انتخابية وتأخر فتح عدد من اللجان.. ففى محافظة الشرقية الدائرة الرابعة مركز اقتراع مدرسة شكر الإعدادية لجنة رقم 266 حدثت مشاجرة بالأسلحة البيضاء، بين مرشح مستقل وأنصاره وأنصار حزب الحرية والعدالة, فيما تم تأخير فتح اللجان حتى الساعة 8:40 صباحا بمركز اقتراع مدرسة البحيرة بالدائرة الثالثة. وفى محافظة سوهاج الدائرة الثانية مركز اقتراع مدرسة مصطفى كامل الابتدائية بالمراغة، لجان ارقام 18 الى 20 تم طرد وكلاء المرشحين من اللجان, وقام المرشح احمد عبد السلام قورة مستقل بدفع فواتير الكهرباء لجميع عقارات المساكن الشعبية بالبلينا والبالغ عددها 33 عمارة، ويقوم بنقل الناخبين للتصويت لصالحه . وفى الدائرة الخامسة ( البلينا و دار السلام ) مركز اقتراع مدرسة عبد الحميد رضوان الثانوية المطورة، تأخر فتح اللجان حتي الساعه 9:00 وتم رصد وجود دعاية انتخابية لصالح المرشح حشمت بخيت فئات فردي مستقل. وفى محافظة الجيزة شهدت الدائرة الاولي مركز اقتراع مدرسة الاخصاص الاعدادية الثانوية المشتركة منع الوكلاء من دخول اللجان وتأخر فتح اللجان.. وفى دائرة الدقي وامبابة مركز اقتراع الهيئة العامة للطب البيطري لجان 579،580 لوحظ عدم وجود حبر فسفوري, كما يوجد تأثير علي الناخبين لصالح المرشح المستقل عصام بهي محمد عمال فردي. أيضا مركز اقتراع معهد بحوث النباتات لجنة 491 لا يوجد حبر فسفوري. وفى مركز اقتراع مدرسة هدى الشعراوي بنات لجان ارقام 505 , 506 حدثت مشاجرة بين احدى الناخبات واعضاء اللجنة، وتم وقف اللجنة لمدة ربع ساعة وتم استبعاد احد اعضاء اللجنة ..وكذلك وجود دعاية داخل اللجنة لصالح مرشحي حزب النور. أما الدائرة الثالثة مركز اقتراع مدرسة الناصرية الاعدادية بالمهندسين فقد تم رصد دعاية انتخابية لصالح حزب الثورة مستمرة.