أصدر الرئيس عبد الفتاح السيسي، الجمهورية، قرارا جمهوريا بإنشاء أمانة عامة لمجلس الدفاع الوطني، برئاسة أمين عام وعدد كاف من الأعضاء من ضباط القوات المسلحة أو غيرهم، وتحدد اختصاصاتها ووظائفها ونظام العمل بها بقرار من رئيس الجمهورية بناء على عرض وزير الدفاع. وتدرج الاعتمادات المالية الخاصة بالأمانة العامة فى فرع مستقل بموازنة رئاسة الجمهورية. جاء ذلك القرار طبقا لما نشرته الجريدة الرسمية - «الوقائع المصرية»، حيث قالت: «قرار رئيس الجمهورية بالقانون رقم 124 لسنة 2015 بتعديل بعض أحكام قرار رئيس الجمهورية بالقانون رقم 21 لسنة 2014 بإنشاء مجلس الدفاع الوطنى، ويستبدل بنص المادة السادسة من قرار رئيس الجمهورية بالقانون رقم 21 لسنة 2014 على أن تنشأ برئاسة الجمهورية».