أكد القائم مقام القائم بأعمال البطريركيه الانبا باخوميوس مطران البحيرة في كلمته التي ألقاها في نهايه صلاة الجنازة علي البابا شنودة الثالث أن البابا قاد الكنيسة علي مدار عقدين متتاليين، واكد انه قائد حكيم قادر حفظ الكنيسة في انتقالها لمرحلة التجديد وذلك بقوة الصلاة. واوضح باخوميوس أن البابا قاد حركة التجديد في الكنيسة وذلك بتجديد المعاهد اللاهوتيه الارثوذكسية في شتي بقاع العالم حتي اصبح الفكر القبطي الارثوذكسي موجود بالعالم كله. واضاف ان التاريخ سيذكر أن عهد البابا شنودة الثالث هو عهد التكريس حيث تكرس علي يديه الكثير من الشباب لخدمة الاديرة والكنائس في العالم، كله مشيرا الي ان هذة الامور تؤكد ان البابا عمل بهذة الامور بقوة لانه رجل التعليم والرعاية. واكد باخوميوس أن الكلمات تقف عاجزة عن التعبير عما نشعر به وكذلك عاجزة عن وصف ما تركه لنا واصفا اياه بانه في قيادته كان موسي ويشوع و يوحنا المعمدان ونحميا العصر الحديث. وأضاف باخوميوس أن عهد البابا كان عهد الحوارات بين الكنائس وكان مثالا للوحدة الوطنية مدللا علي ذلك بوجود الوفد من كل الطوائف المسيحية علي راسهم الكنيسة السريانيه والانجليكانيه والاثيوبيه والسودانية والفاتيكان والروم الارثوذكس والانجيليه وغيرهم وكذلك وجود الشرقيين من الاسلاميين وعلي راسهم الازهر وجميع الشخصيات المصرية باختلاف ديانتهم وانما يدل علي ثمار الحوار الذي قاده البابا شنودة الثالث علي مدار تاريخه البابوي. من جانب آخر قام الانبا بيشوي سكرتير المجمع المقدس بتقديم الشكر لكل الحضور وعلي رأسهم جموع الشعب المصري الذين شاركوا في هذا اليوم وتقدم بالشكر للمجلس العسكري والفريق احمد شفيق وعمرو موسي وابوالفتوح وحمدين صباحي المرشحين المحتملين للرئاسة.