علقت الرئاسة على تقرير اللجنة الفنية المسئولة عن تقيم سد النهضة الإثيوبي، قائلة : "على الرغم من إعلان إثيوبيا أن للسد منافعا كثيرة، وليس له أضرار على دولتي المصب، إلا أن التقرير النهائي، أكد أن معظم الدراسات والتصميمات المقدمة من الجانب الإثيوبي بها قصور في منهجية عمل تلك الدراسات، والتي لا ترقى إلى مستوى مشروع بهذا الحجم على نهر عابر للحدود". وأضاف المتحدث الرسمي باسم الرئاسة، علي هامش اللقاء الذي جمع بين الرئيس والقوي السياسية والوطنية، أن جزء من تلك الدراسات يحتاج إلى تحديث في ضوء ما توفر من بيانات ومعلومات تم الحصول عليها من واقع الأنشطة المعملية والحقيقية المتعلقة بالمشروع، فبعض من تلك الدراسات التي تم إعدادها بعد الإعلان عن تنفيذ السد في أول إبريل 2011، وكذلك أثناء عمل اللجنة. وأوصى التقرير النهائي، على أهمية وجود احتياطات إنشائية، تسمخ بتوفير الحد الأدنى من احتياجات دولتى المصب من المياه، تحت الظروف الطارئة "توقف محطات توليد الكهرباء"، التى لم يتم توضيحها فى الدراسات الإثيوبية والتصميمات المقدمة للجنة. وفيما يتعلق بدراسات تقييم الآثار البيئية والاجتماعية على دولتى المصب، أوضح التقرير أن الجانب الإثيوبى لم يجر دراسات علمية عن حجم الأثار ومدى خطورتها على دولتى المصب. وأوضح التقرير أنه لايوجد تحليل اقتصادى من واقع الدراسات المقدمة من الجانب الإثيوبى فيما يخص السد وارتفاعه والقدرة التصميمة لمحطة الكهرباء. وكشف التقرير النهائى عن أن الدراسات الإثيوبية تشير إلى أن ملىء السد فى فترات الفيضان العالية والمتوسطة، وهذا يكون له تأثير على الكهرباء المولدة من السد العالى فقط ، وأن الدراسات أوضحت أيضا أنه فى حال ملء الخزان فى فترات الجفاف، فإن منسوب السد العالى يصل الى أقل منسوب تشغيل له لمدة أربع سنوات. وعلى الرغم من أن التقرير النهائى، احتوى على بعض ايجابيات السد على مصر من واقع الدراسات المقدمة من الجانب الإثيوبى، وهى تقليل ترسيبات الطمى الواردة لبحيرة السد العالى، وتقليل الفياضانات ، وزيادة المساحة الزراعية ، إلا أن التقرير النهائى تضمن أيضا تأكيد الخبراء على عدم امكانية الاعتماد على تلك النتائج، فهى مبنية على بيانات وطريقة تحليل غير محققة ونموذج محاكاة مبسط، وتحتاج الى دراسات معمقة لتعتمد على نماذج رياضية أكثر تمثيلا لواقع النظام "الهيدرولوجى" لنهر النيل وظروف التشغيل تحت السينارويوهات المختلفة. وأشار التقرير النهائى الى وجود بعض التأثيرات البيئية والاجتماعية، تتمثل فى الإضرار بالثروة السمكية والمرتبطة بتدهور نوعية المياه نتيجة تحلل الزراعات الموجودة بمنطقة بحيرة السد، بالإضافة الى تأثر صناعة الطوب بالسودان نتيحة تقليل كمية الترسيبات الوارداة مع المياه ، فضلا عن تدهور خصوبة التربة الزراعية بالسودان. واحتوى التقرير على عدد من الملاحق - أكثر من 600 صفحة - تتضمن محاضر الاجتماعات وجميع التعليقات الخاصة بأعضاء اللجنة على الدراسات الإثيوبية المقدمة، والتى اشتملت على الشواغل المصرية والتأثيرات السلبية المتوقعة من هذا السد.