اكد الأزهر الشريف أنه لا يحق لأي طرف أن يستغل اسم الأزهر الشريف ضد أي طرف آخر، مؤكداً على حرية النقد البناء، وداعيا جميع الأطراف إلى مراعاة مواثيق الشرف المهني، في النقد والتعامل، ويحض على التزام القيم الأخلاقية في النقد، وعدم التعدي من أي طرف إلى تجريح الطرف الآخر. وأضاف الأزهر في بيانه الصحفي الخميس، أن الأزهر الشريف هو المرجعية العلمية لكل فئات الشعب المصري الكريم، ولا ينحاز لطرف دون طرف، بل يظل فوق النزاعات الضيقة، ويدعو المجتمع المصري بأكمله إلى جمع الشمل، والتخلق بأخلاق النبوة، والعمل على بناء الوطن، ومد جسور الثقة والاحترام بين كل فئات الشعب المصري الكريم. جاء ذلك بالإشارة إلى الفتوى الصادرة عن لجنة الفتوى، التابعة لمجمع البحوث الإسلامية، برقم (379)، بتاريخ 20/5/2012م، والمتعلقة بإبداء الرأي في برنامج (البرنامج)، للإعلامي باسم يوسف، وبالنظر إلى مضمون الفتوى، تبين أنها تسدي النصيحة، لكافة الفئات والبرامج، إلى الكلام بالحسنى، والنقد البناء، والبعد عن التجريح والإساءة، وليس للفتوى علاقة بالتحريم أو عدمه، فيما يجري في المجتمع من حوار وحراك فكري، إلا أنه قد أسيء فهم الفتوى، وجرى توظيفها من بعض الفئات ضد بعض، والأزهر الشريف. ومن ناحية أخرى،رفض مجمع البحوث الإسلامية أي محاولة للنيل من مكانة الأزهر الشريف، تلك المؤسسة الإسلامية العريقة ودورها في خدمة الإسلام والمسلمين، والمحافظة على وحدة الأمة ومصلحة الوطن . جاء ذلك عندما ناقش مجلس مجمع البحوث الإسلامية في جلسته المنعقدة اليوم الخميس 14 من صفر 1434ه الموافق 27/12/2012م ما أثير في الأيام الماضية حول المساس باستقلالية الأزهر الشريف وإمامه الأكبر. ويؤكد المجلس أن الأزهر سيظل الهيئة المستقلة البعيدة عن تقلبات السياسة وأساليبها وهو ينأى بنفسه عن إبرام الصفقات السرية والاتفاقات المشبوهة ويعلو على الأغراض الحزبية والأطماع السياسية، ويؤكد حرصه الشديد على النهوض برسالته وأداء الدور المنوط به على المستوى الوطني والإقليمي والعالمي.