كان لقرارات مرسي بإلغاء الإعلان الدستوري المكمل وإقالة المشير طنطاوي والفريق عنان ردود أفعال عديدة في الداخل والخارج، وعلى وجه الخصوص في إسرائيل. فقد أكد موقع والاه الإخباري الإسرائيلي أن أجهزة الأمن الإسرائيلية تفاجأت من قرارات الرئيس المصري القاضية بإقالة عدد من القيادات العسكرية المصرية، حيث أشار مصدر أمني إسرائيلي رفيع المستوى إلى أن قرارات مرسي هذه نزلت على إسرائيل مثل الصدمة، وأضاف أن كبار المسئولين المصريين أصبحوا لا يردون على الاتصالات الهاتفية التي يقوم بها نظراؤهم الإسرائيليين، مما سيكون له تأثير على العلاقات المصرية الإسرائيلية، ويرى أن جميع المسئولين المصريين سيلتزمون من اليوم بالعمل وفقا لأجندة الرئيس مرسي. فيما أكد مصدر أمني إسرائيلي آخر أن إسرائيل تتابع الآن بترقب شديد ما يجري في مصر، وأنه من السابق لأوانه تحديد تداعيات خطوات الرئيس مرسي الأخيرة، مع ذلك أشار المصدر إلى أن ما قام به مرسي هو إجراء قيادي من قبله. في الوقت نفسه دعا رئيس الوزراء الإسرائيلي السابق إيهود أولمرت إلى عدم التسرع في رد الفعل، وذلك لأن جميع التطورات التي شهدتها مصر منذ نشوب ثورة الخامس والعشرين من يناير وما أعقبها من سقوط مبارك وما تلاها كانت كلها تطورات غير متوقعة، ولكن على الرغم من ذلك كان من المتوقع منذ البداية تنامي قوة الإخوان المسلمين في مصر. أما الكاتب الإسرائيلي رون بن ياشي فيرى أن الرئيس المصري محمد مرسي استغل عملية رفح الذي هزت مصر كلها لإقالة كبار قادة الجيش وإعادة صلاحياته إليه كرئيس منتخب، وهو نفس ما فعله رجب طيب أردوغان في تركيا، إلا أن الفارق بين مرسي وأردوغان –بحسب ياشي- فيتمثل في أن هذه الخطوة أخذت من رجب طيب أردوغان أكثر من خمس سنوات ليتمكن من تنفيذها، أما الرئيس المصري المنتخب ففعل هذا بضربة واحدة، رغم أنه لم يمضِ على توليه منصبه سوى أسابيع معدودة. هذا ويؤكد الكاتب الإسرائيلي أن خبر إقالة كل من طنطاوي وعنان هي أخبار شديدة السوء على إسرائيل، وتمثل نذير شؤم على تل أبيب على المدى البعيد، لأن السيناريو التركي يتكرر أمام عينها في مصر ولكن بوتيرة أسرع. ويزعم بن ياشي أن المشير طنطاوي لم يكن صديقا لإسرائيل، ولكنه في الوقت نفسه لم يكن عدوا لها، بينما الفريق سامي عنان فكانت تربطه علاقات طيبة بإسرائيل. من جهة أخرى أكد موقع ديبكا أن مرسي الذي يترأس أكبر دولة عربية وإسلامية صاحبة أضخم جيش في المنطقة يواصل توجيه الضربات القاسية لكل من إسرائيل والولايات المتحدة، ويضيف الموقع الإسرائيلي أن ما يزيد من قلق وخوف إسرائيل أنه يتزامن مع إقالة طنطاوي وعنان تمركز دبابات M-60 الأمريكية الصنع المتطورة التي يمتلكها الجيش المصري، في سيناء على مقربة من الحدود الإسرائيلية وذلك لأول مرة منذ عام 1973م، حيث يرى الموقع الإسرائيلي أن مرسي أراد بذلك توصيل رسالة لإسرائيل مفادها أن مصر ابتداء من اليوم لن تحترم أي بند داخل اتفاقية السلام لا يتفق مع المصالح المصرية.