زعم المحلل الإسرائيلي بنحاس عنبري أنه على الرغم من أن تنظيم القاعدة قام من خلال عملية رفح بتوجيه ضربة مادية لكل من مصر وإسرائيل، لكن الهدف الأساسي منها هو هدف سياسي يتمثل في توجيه ضربة قاسمة لمصالح حماس. مُذكرا بالعداء الشديد بين حماس والحركات السلفية الجهادية في قطاع غزة، حيث قامت حماس منذ عامين بالهجوم على أمير السلفية الجهادية في غزة وقتله وقتل واعتقال عدد من أتباعه لمحاولتهم الخروج على حكم حماس، ومنذ ذلك الحين وهناك حالة ثأر بين حماس وتنظيم القاعدة. وادعى بنحاس عنبري الذي يترأس مركز القدس للدراسات الاستراتيجية أن رجال الأمن المصريين الذين سقطوا في عملية رفح هم ضحية لهذا الصراع الدائر بين حماس والقاعدة، وأنهم دفعوا ثمن ذلك من دمائهم، أما الثمن السياسي فتدفعه حاليا حركة حماس، حيث لم يمضِ أكثر من أسبوعين على استقبال الرئيس المصري محمد مرسي عدد من قياداتها، على رأسهم خالد مشعل وإسماعيل هنية، وتم بحث العديد من الأمور التي كان يرفض نظام المخلوع مبارك تنفيذها لحماس، وعلى رأسها فتح معبر رفح بصورة رسمية، وهو الأمر الذي يعد هدفا استراتيجيا لحماس، لأن هذا الإجراء سيمنح الحركة اعترافا رسميا بسلطتها في قطاع غزة. ويرى عنبري أن تنظيم القاعدة قرأ جيدا خطوط العمل هذه وسعى إلى إحباطها انتقاما من حماس، لذا قام بتنفيذ الهجوم على وحدة حرس الحدود المصرية بكرم أبو سالم بأسلوب يؤدي إلى توجيه أصابع الاتهام إلى حكومة حماس بغزة وليس إلى إسرائيل، لدفع مصر إلى فرض حصار من الجانب المصري على قطاع غزة، وإعادة الوضع إلى ما كان عليه في زمن المخلوع، ونسف التفاهمات التي توصلت إليها قيادات حماس مؤخرا مع الرئيس المصري المنتخب محمد مرسي المنتمي إلى جماعة الإخوان المسلمين. ويشير المحلل الإسرائيلي إلى أن المنطق يقول إن حركة الإخوان المسلمين في مصر (التي تعد اللاعب السياسي الرئيسي في مصر) ستقوم بعد عملية كرم أبو سالم بتغيير أسلوب تعاملها، وبدلا من الارتباط بحركة حماس للإضرار بإسرائيل، يجب عليها الاستعانة بإسرائيل لحماية مصر من الإرهاب المنتشر في سيناء، إلا أنه يقول إن هذا لن يحدث للأسف، والدليل على ذلك أن حركة الإخوان المسلمين نشرت بيانا رسميا عقب العملية تتهم فيه الموساد الإسرائيلي بتنفيذ عملية كرم أبو سالم. وفي النهاية يزعم عنبري أن تنظيم القاعدة لا ينظر إلى إسرائيل كهدف استراتيجي بالنسبة إليه، لأن أعينهم موجهة إلى أهداف أكبر، مثل الولاياتالمتحدة وروسيا والهند، ولكن عندما دخل تنظيم القاعدة في صراع مع الإخوان المسلمين اضُطر إلى إدخال إسرائيل في الصورة، ولكنها لم تكن هدفا أساسيا للقاعدة، بل هدف يزيد من قوة هذا التنظيم في صراعه.