بعد إعلان الدكتور محمد مرسي الرئيس الجديد للجمهورية الثانية في مصر بعد الثورة، هناك أربعة تحديات تواجه العلاقة بين المجلس العسكري وأنصار الرئيس الفائز، ولا خروج منها إلا عن طريق مفاوضات جادة تخلق حلولا سلمية تؤدي لتسليم السلطة فعليًا للرئيس، وإلا ستستمر موجة الاحتجاجات في البلاد. وتتمثل هذه التحديات في الإعلان الدستوري المكمل الذي أضاف صلاحيات شبه مطلقة للمجلس العسكري وقلل من صلاحيات الرئيس، وحلّ مجلس الشعب بعد قرار المحكمة الدستورية ببطلان انتخاب ثلثه الفردي، والجمعية التأسيسية لكتابة الدستور والتي سينظر القضاء في الطعون المقدمة بصددها غدًا (الثلاثاء)، وقرار منح حق الضبطية القضائية لأفراد الشرطة العسكرية والمخابرات الحربية بحق المواطنين المدنيين، حسبما أوردتها شبكة CNN الإخبارية. واعتبرت الناشطة السياسية إسراء عبد الفتاح أن فوز مرسي يوجه رسالة مهمة للمجلس العسكري بأن دوره قد انتهى وعليه العودة لثكناته، مشيرة لاستمرار تظاهر القوى الثورية ضد المجلس لحين تسليم السلطة بكامل الصلاحيات للرئيس المنتخب والحكومة الجديدة. ووصفت إسراء عبد الفتاح نجاح مرشح الحرية والعدالة بأنه "انتصار للثورة في مواجهة مرشح المجلس العسكري والنظام السابق"، كما شددت على أهمية توحد جماعة الإخوان المسلمين وجميع القوى السياسية لاستكمال الثورة وإرساء مبدأ المشاركة لا المغالبة، حتى لا تتحول تلك القوى إلى معارضة لها. وأبدت استحسانها لفكرة تشكيل مجلس استشاري للحكومة القادمة، على ألا تكون الغلبة فيها لحزب الحرية والعدالة وأن يكون رئيس الحكومة من المستقلين، مشيرة إلى أن القوى الوطنية "ستقوم بمراقبة أداء الرئيس الجديد، فإذا نقض العهد فإن من أسقط المخلوع حسني مبارك وشفيق يستطيع إسقاط غيرهم." من جانبه أشار حمدي حسن -القيادي بجماعة الإخوان المسلمين- إلى استمرار الاحتجاجات والمظاهرات ضد المجلس العسكري لحين إيجاد مخرج للإعلان الدستوري المكمل وقرار الضبطية القضائية وقرار حلّ مجلس الشعب. أما أحمد ماهر -منسق حركة شباب 6 إبريل- فقد وصف إسقاط شفيق ب"النجاح للثورة"، وطالب القوى الوطنية ب"التوحد من أجل انتزاع باقي السلطات من المجلس العسكري، وإلغاء الإعلان الدستوري حتى يتمكن الرئيس الجديد من العمل بسلطات كاملة غير منقوصة."