أعلنت حركة الأقباط الأحرار رفضها إخضاع أموال الكنيسة للرقابة، مؤكدة تأييدها التام لموقف الأنبا باخوميوس القائم مقام البابا الرافض لطرح فكرة إخضاع أموال الكنائس للرقابة من قبل الدولة، وشددت الحركة علي أن أموال الكنائس تأتي من خلال الهبات والتبرعات من قبل المسيحيين وهي أيضا من أموال العشور الخاصة بهم والتي يتم إنفاقها علي الفقراء والمحتاجين، وهي ليست من الميزانية العامة للدولة حتي تضع يدها عليها. واستنكرت الحركة طرح هذه القضايا في مثل هذه الأوقات معتبرةأنه مجرد ابتزاز واضح للأقباط لم يظهر إلا في نفس التوقيت الذي طرح فيه البعض تقنين أوضاع جماعات الإسلام السياسي وفرض سيطر الدولة عليه وكشف مصادر تمويلها.