حذر محمد عمر وزير الخارجية من محاولات إسرائيلية للتواجد في الجنوب السوداني، مؤكداً أن مصر تحاول توثيق العلاقات بين دول الجوار وحوض النيل حتي تفوت علي العدو الصهيوني التأثير والدخول في شئون هذه الدول. ومن المقرر أن يقوم وزير الخارجية بزيارة قريبة لدول حوض النيل هدفها دعم العلاقات مع دول الحوض في محاولة لتفعيل الدور المصري في هذه المناطق. جدير بالذكر أن الحكومة الاسرائيلية اعترفت بجنوب السودان الذي اعلن استقلاله، وكانت علاقاتها أكثر ودية مع الجيش الشعبي لتحرير السودان، الحركة المسلحة التي قادت جنوب السودان نحو الاستقلال، كما كشفت وسائل الاعلام العبرية ان العديد من الخبراء الاسرائيليين موجودون في جنوب السودان لاسيما في قطاع الزراعة.