مازالت رؤية الاستخبارات الاميركية غير واضحة ازاء جماعة الاخوان المسلمين اكبر قوة معارضة في مصر. ورغم علاقاتها الوثيقة طوال30 عاما مع الاستخبارات والقوات المسلحة المصرية قال مدير الاستخبارات الوطنية جيمس كلابر ومدير وكالة الاستخبارات المركزية "سي آي ايه" ليون بانيتا بأن الاستخبارات الاميركية التي تعرضت لانتقادات لعدم توقعها انهيار الحكم في كل من تونس ومصر وذلك على الرغم من ميزانية قاربت ال80 مليار دولار في العام الماضي لا تزال غير قادرة على تصديق نوايا الاخوان المسلمين. وأشار كلابر خلال الجلسة في مجلس الشيوخ من الصعب في هذه المرحلة الاستناد الى برنامج محدد للاخوان المسلمين بصفتهم جماعة. الا ان المسؤولين يعتبران ان اجهزة الاستخبارات الاميركية قامت بواجبها بافضل ما يمكن لجهة تزويد الادارة الاميركية بالمعلومات حول الوضع في الشرق الاوسط. وكان قد قال كلابر ان ما بوسع الاستخبارات القيام به في مثل هذه الحالة هو الحد من مخاوف متخذي القرارات وليس ازالتها وهو ما قمنا به لكننا لا نتوقع الاحداث. وبعد ما أكدوا أنهم لا يسعون الى دولة دينية تثير جماعة الاخوان المسلمين مخاوف الغربيين الذين يخشون قيام نظام اسلامي بعد تخلي مبارك الذي حكم مصر 30 عاما لكن. وحول موقف الاخوان المسلمين من معاهدة السلام بين اسرائيل ومصر والتي ارتكزت عليها الاستراتيجية الاميركية في تحالفاتها منذ سبعينات القرن الماضي، ابدى ترددا في الاجابة. واكتفى بالقول "على الارجح انهم غير مؤيدين للمعاهدة" وذكر بان المجلس الاعلى للقوات المسلحة الذي تولى الحكم منذ تنحي مبارك، تعهد احترام المعاهدات الموقعة.