أشار محمد رفاعة الطهطاوي، رئيس ديوان رئيس الجمهورية في عهد الرئيس المعزول محمد مرسي، إلى أن هناك قسم تم إنشائه برئاسة الجمهورية للتوثيق والأرشيف بواسطة جمال مبارك نجل الرئيس المخلوع، وتحت إشراف اللواء الراحل عمر سليمان رئيس جهاز المخابرات الأسبق. وتابع "الطهطاوي"، خلال إفادته أمام المحكمة التي تنظر قضية "التخابر مع قطر"، انه لم يكن مهتمًا بهذا النوع من الأمور، مضيفًا أن مدير مكتبه مصطفى طلعت الشافعي - والذي كان يشغل منصب مدير مكتب زكريا عزمي منصب رئيس الديوان خلال حكم مبارك - هو من يعلم كل تفصيلة من تفصيلات الديوان بشكل دقيق ويعرف كل صغيرة وكبيرة. وأسندت النيابة إلى الرئيس المعزول محمد مرسي وبقية المتهمين اتهامات عديدة، من بينها ارتكاب جرائم الحصول على سر من أسرار الدفاع، واختلاس الوثائق والمستندات الصادرة من الجهات السيادية للبلاد والمتعلقة بأمن الدولة وإخفائها وإفشائها إلى دولة أجنبية والتخابر معها بقصد الإضرار بمركز البلاد الحربي والسياسي والدبلوماسي والاقتصادي وبمصالحها القومية. كما نسبت النيابة للمتهمين طلب أموال ممن يعلمون لمصلحة دولة أجنبية، بقصد ارتكاب عمل ضار بمصلحة البلاد، والاشتراك في اتفاق جنائي الغرض منه ارتكاب الجرائم السابقة، وتولي قيادة والانضمام لجماعة إرهابية تأسست على خلاف أحكام القانون الغرض منها الدعوة إلى تعطيل أحكام الدستور والقوانين ومنع مؤسسات الدولة والسلطات العامة من ممارسة أعمالها والاعتداء على الحريات.